More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0073 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  99.74 
 
 		 388 aa  801    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  100 
 
 		 385 aa  796    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  97.44 
 
 		 391 aa  792    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  100 
 
 		 391 aa  810    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  93.3 
 
 		 388 aa  762    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  69.17 
 
 		 388 aa  580  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.08 
 
 		 401 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 		 434 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.67 
 
 		 383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  33.33 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  33.33 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.37 
 
 		 400 aa  181  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  33.76 
 
 		 402 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.23 
 
 		 399 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.05 
 
 		 407 aa  167  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.18 
 
 		 401 aa  164  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  31.73 
 
 		 408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  31.17 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  32.34 
 
 		 405 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  31.37 
 
 		 399 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.06 
 
 		 404 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  31.51 
 
 		 405 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  29.34 
 
 		 409 aa  146  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  31.51 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.94 
 
 		 420 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  30.75 
 
 		 404 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  30.83 
 
 		 405 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.32 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  30.46 
 
 		 405 aa  139  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  29.61 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  31.34 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  30.93 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.29 
 
 		 401 aa  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  29.93 
 
 		 394 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.08 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  29.35 
 
 		 397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.33 
 
 		 411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.66 
 
 		 383 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  30.73 
 
 		 405 aa  133  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.24 
 
 		 400 aa  133  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.53 
 
 		 387 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.19 
 
 		 387 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  30.1 
 
 		 420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  30.4 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  30.43 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.35 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  29.38 
 
 		 398 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.23 
 
 		 397 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  30.13 
 
 		 408 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  29.97 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  29.9 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  29.49 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  28.43 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.84 
 
 		 397 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  30.65 
 
 		 392 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  29.04 
 
 		 371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.41 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.92 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  28.18 
 
 		 403 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.26 
 
 		 398 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  30.03 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.61 
 
 		 408 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.8 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.87 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.69 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.15 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.92 
 
 		 397 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  26.7 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.59 
 
 		 404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  27.04 
 
 		 398 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  26.7 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  30.09 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.63 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.67 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.98 
 
 		 469 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7549  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.64 
 
 		 403 aa  99.8  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0306552 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  30.45 
 
 		 468 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  26.62 
 
 		 347 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1566  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.62 
 
 		 256 aa  98.6  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.45 
 
 		 468 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  30.04 
 
 		 468 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.73 
 
 		 466 aa  96.3  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.95 
 
 		 463 aa  94.4  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3627  chromosome segregation ATPase  31.47 
 
 		 276 aa  93.2  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1931  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.74 
 
 		 287 aa  93.2  7e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.741466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0202  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 		 255 aa  92.8  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.94 
 
 		 405 aa  92  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.04 
 
 		 484 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  27.04 
 
 		 484 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0126  putative plasmid partition protein ParA  26.52 
 
 		 401 aa  91.3  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.75003e-18 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  26.73 
 
 		 484 aa  90.1  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  27.18 
 
 		 435 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2156  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.47 
 
 		 337 aa  89  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.371685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1937  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.24 
 
 		 265 aa  88.6  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.4 
 
 		 462 aa  88.6  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0508  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.73 
 
 		 261 aa  87.8  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2334  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.97 
 
 		 249 aa  87.4  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07115  SpoOJ regulator protein  31.88 
 
 		 254 aa  87.8  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0438  putative CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain protein  26.01 
 
 		 250 aa  88.2  3e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.132493  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  27.18 
 
 		 435 aa  87.4  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>