More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4023 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  87.31 
 
 		 394 aa  715    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  100 
 
 		 395 aa  815    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  67.95 
 
 		 392 aa  569  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.81 
 
 		 397 aa  539  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  61.08 
 
 		 399 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.71 
 
 		 407 aa  494  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.88 
 
 		 410 aa  481  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  57.84 
 
 		 397 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.05 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  58.35 
 
 		 397 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  56.52 
 
 		 404 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.58 
 
 		 398 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.91 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  57.51 
 
 		 408 aa  475  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  55.89 
 
 		 409 aa  472  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  60.77 
 
 		 408 aa  471  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.64 
 
 		 401 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.57 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  60.15 
 
 		 420 aa  468  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.24 
 
 		 405 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.1 
 
 		 397 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  57.51 
 
 		 405 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  59.73 
 
 		 405 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.38 
 
 		 404 aa  467  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.68 
 
 		 408 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  57.36 
 
 		 398 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  57.84 
 
 		 405 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  58.03 
 
 		 405 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  58.4 
 
 		 405 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  56.5 
 
 		 398 aa  454  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  57.18 
 
 		 405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  54.36 
 
 		 400 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  56.41 
 
 		 405 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  55.78 
 
 		 404 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  55.84 
 
 		 397 aa  433  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  56.23 
 
 		 397 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  55.1 
 
 		 408 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  52.7 
 
 		 403 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  54.78 
 
 		 398 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  55.76 
 
 		 371 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.14 
 
 		 398 aa  408  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  52.97 
 
 		 402 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  50.51 
 
 		 405 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  49.37 
 
 		 404 aa  389  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  47.45 
 
 		 403 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  50.13 
 
 		 408 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  51.88 
 
 		 408 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.35 
 
 		 404 aa  355  7.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  47.34 
 
 		 404 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.09 
 
 		 391 aa  344  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.85 
 
 		 400 aa  339  4e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.06 
 
 		 383 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.51 
 
 		 400 aa  200  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.33 
 
 		 401 aa  197  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.39 
 
 		 399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.41 
 
 		 405 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.61 
 
 		 401 aa  179  8e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.77 
 
 		 383 aa  170  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.73 
 
 		 411 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  30.37 
 
 		 397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  29.02 
 
 		 406 aa  159  8e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  28.91 
 
 		 406 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  28.57 
 
 		 402 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  30 
 
 		 396 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.65 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.46 
 
 		 487 aa  145  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.36 
 
 		 466 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.9 
 
 		 387 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  30.58 
 
 		 468 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  30.39 
 
 		 468 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.58 
 
 		 468 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.22 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.68 
 
 		 402 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  29.88 
 
 		 484 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.61 
 
 		 469 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  29.35 
 
 		 388 aa  133  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  26.75 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  26.99 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  29.35 
 
 		 391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  29.35 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  29.35 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  28.78 
 
 		 484 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.78 
 
 		 484 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.22 
 
 		 434 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  29.62 
 
 		 391 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.11 
 
 		 463 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.11 
 
 		 434 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  29.38 
 
 		 388 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  25.87 
 
 		 347 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.28 
 
 		 462 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2516  chromosome segregation ATPase  32.63 
 
 		 253 aa  113  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00725558  hitchhiker  0.00179458 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2031  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.75 
 
 		 253 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.491233  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1707  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.42 
 
 		 269 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3649  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.29 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1531  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.1 
 
 		 299 aa  111  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000837624 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3532  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.51 
 
 		 267 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.440443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.73 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6481  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.09 
 
 		 314 aa  110  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.103366 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4809  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.85 
 
 		 257 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2377  chromosome segregation ATPase  30.51 
 
 		 258 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>