More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4213 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  69.64 
 
 		 484 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  100 
 
 		 466 aa  951    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  68.76 
 
 		 463 aa  638    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  79.48 
 
 		 468 aa  765    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.97 
 
 		 469 aa  641    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  81.6 
 
 		 487 aa  779    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  81.11 
 
 		 468 aa  773    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  70.31 
 
 		 484 aa  646    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  69.93 
 
 		 484 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  79.87 
 
 		 468 aa  766    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.54 
 
 		 462 aa  632  1e-180  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  35.32 
 
 		 435 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  35.32 
 
 		 435 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.97 
 
 		 434 aa  225  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  32.7 
 
 		 371 aa  183  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.11 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  31.63 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  31.87 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  29.34 
 
 		 408 aa  175  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  30.82 
 
 		 405 aa  175  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.96 
 
 		 404 aa  173  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  30.12 
 
 		 392 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.02 
 
 		 387 aa  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.75 
 
 		 404 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.44 
 
 		 401 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  31.96 
 
 		 408 aa  171  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  28.95 
 
 		 397 aa  169  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  28.95 
 
 		 397 aa  168  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  30.45 
 
 		 399 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  30.37 
 
 		 405 aa  167  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  28.99 
 
 		 405 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.75 
 
 		 410 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  30.22 
 
 		 405 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  31.55 
 
 		 402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.1 
 
 		 397 aa  163  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  28.47 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.68 
 
 		 400 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  30.64 
 
 		 409 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.59 
 
 		 398 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  30.25 
 
 		 397 aa  158  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  29.88 
 
 		 408 aa  156  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  30.66 
 
 		 398 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  28.15 
 
 		 403 aa  156  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  29.6 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.39 
 
 		 397 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.23 
 
 		 408 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.26 
 
 		 411 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.88 
 
 		 405 aa  154  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.34 
 
 		 420 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  28.89 
 
 		 404 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.57 
 
 		 397 aa  152  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.23 
 
 		 400 aa  150  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.97 
 
 		 383 aa  150  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.88 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.44 
 
 		 391 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.46 
 
 		 404 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  28.22 
 
 		 394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  28.47 
 
 		 397 aa  147  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  28.6 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  28.78 
 
 		 397 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.36 
 
 		 395 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.44 
 
 		 383 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.46 
 
 		 401 aa  144  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  27.1 
 
 		 408 aa  143  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.68 
 
 		 397 aa  143  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.8 
 
 		 400 aa  139  8.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.72 
 
 		 404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  28.18 
 
 		 403 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  30.58 
 
 		 404 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  30.99 
 
 		 396 aa  136  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.8 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  25.49 
 
 		 402 aa  133  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  28.4 
 
 		 398 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  27.42 
 
 		 405 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  27.49 
 
 		 398 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.49 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  23.75 
 
 		 406 aa  123  7e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  23.52 
 
 		 406 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.06 
 
 		 402 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.12 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.55 
 
 		 403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0237  chromosome partitioning ATPase  34.3 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  30.87 
 
 		 347 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.73 
 
 		 434 aa  107  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3425  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.33 
 
 		 253 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2519  ParA family protein  34.26 
 
 		 257 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000399076  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2844  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.48 
 
 		 268 aa  101  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0241  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.06 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.811562  normal  0.0256625 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0479  putative sporulation initiation inhibitor protein Soj  36.36 
 
 		 279 aa  100  5e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3279  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.08 
 
 		 298 aa  100  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3498  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.08 
 
 		 303 aa  100  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.975248  normal  0.228635 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2097  chromosome segregation ATPase  28.08 
 
 		 265 aa  99.8  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.37 
 
 		 303 aa  99.8  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.61 
 
 		 387 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5631  sporulation initiation inhibitor protein Soj  31.68 
 
 		 253 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5333  sporulation initiation inhibitor protein Soj  31.68 
 
 		 253 aa  98.6  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5161  sporulation initiation inhibitor  31.68 
 
 		 253 aa  98.6  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5177  sporulation initiation inhibitor  31.68 
 
 		 253 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.16 
 
 		 279 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5607  sporulation initiation inhibitor protein Soj  31.68 
 
 		 253 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.907427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>