More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3855 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  68.4 
 
 		 468 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  100 
 
 		 463 aa  943    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  76.84 
 
 		 462 aa  721    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  82.08 
 
 		 484 aa  775    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  84.8 
 
 		 469 aa  799    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  69.66 
 
 		 487 aa  648    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  69.09 
 
 		 468 aa  655    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  82.08 
 
 		 484 aa  773    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  82.06 
 
 		 484 aa  781    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.61 
 
 		 468 aa  659    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  68.76 
 
 		 466 aa  628  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  35.78 
 
 		 435 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  35.78 
 
 		 435 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.7 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  32.36 
 
 		 371 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.11 
 
 		 401 aa  170  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.05 
 
 		 407 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  27.77 
 
 		 408 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  30.11 
 
 		 405 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  30.65 
 
 		 405 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  28.4 
 
 		 397 aa  156  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.11 
 
 		 411 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  28.04 
 
 		 397 aa  155  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.81 
 
 		 404 aa  155  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.42 
 
 		 387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.56 
 
 		 400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.93 
 
 		 404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  32.85 
 
 		 408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  31.68 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  31.36 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.31 
 
 		 408 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  29.68 
 
 		 408 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  28.5 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.47 
 
 		 397 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.24 
 
 		 397 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.87 
 
 		 383 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  29.28 
 
 		 403 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  30.12 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  29.73 
 
 		 405 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.78 
 
 		 391 aa  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  28.06 
 
 		 408 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  28.92 
 
 		 409 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.61 
 
 		 398 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  29.28 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.25 
 
 		 397 aa  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  30.88 
 
 		 402 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  27.76 
 
 		 404 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  28.78 
 
 		 399 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.14 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.2 
 
 		 420 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.41 
 
 		 398 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.58 
 
 		 383 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  29.44 
 
 		 405 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  28.78 
 
 		 420 aa  136  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.43 
 
 		 410 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.72 
 
 		 405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  33.94 
 
 		 397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.22 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  27.41 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  29.02 
 
 		 403 aa  134  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  29.72 
 
 		 394 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  28.85 
 
 		 408 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  27.41 
 
 		 397 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  29.9 
 
 		 396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.23 
 
 		 399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.78 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.97 
 
 		 401 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.11 
 
 		 395 aa  127  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.47 
 
 		 404 aa  126  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.1 
 
 		 404 aa  126  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  29.57 
 
 		 405 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  25.48 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.49 
 
 		 401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  29.66 
 
 		 404 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  25.06 
 
 		 406 aa  116  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  28.35 
 
 		 398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  24.57 
 
 		 406 aa  113  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.71 
 
 		 405 aa  113  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  28.1 
 
 		 398 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.05 
 
 		 402 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.59 
 
 		 403 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  28.77 
 
 		 347 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.59 
 
 		 434 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.05 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1803  ParaA family ATPase  29.21 
 
 		 265 aa  100  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.833868  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1888  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.22 
 
 		 265 aa  99  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2439  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.22 
 
 		 265 aa  99.4  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04092  transcriptional regulator of chromosome partitioning protein; ParA family protein; could be a protein tyrosine kinase  34.31 
 
 		 264 aa  98.6  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3425  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.7 
 
 		 253 aa  98.2  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2947  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.78 
 
 		 290 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.297799  normal  0.346271 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.78 
 
 		 279 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2976  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.78 
 
 		 290 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4237  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.17 
 
 		 304 aa  95.1  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  27.95 
 
 		 388 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002021  ParA family protein  33.49 
 
 		 257 aa  94.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000141399  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2848  chromosome segregation ATPase  30.35 
 
 		 259 aa  94.4  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.978745  normal  0.176776 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2097  chromosome segregation ATPase  30.2 
 
 		 265 aa  94.4  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  27.95 
 
 		 391 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  27.95 
 
 		 385 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3279  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.74 
 
 		 298 aa  94  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>