More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9501 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  100 
 
 
405 aa  831    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  78.96 
 
 
405 aa  668    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  78.47 
 
 
405 aa  666    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  69.92 
 
 
408 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  63.31 
 
 
404 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.5 
 
 
410 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.09 
 
 
407 aa  510  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  59.62 
 
 
420 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.31 
 
 
420 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  59.71 
 
 
405 aa  501  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  59.85 
 
 
405 aa  495  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  59.34 
 
 
399 aa  492  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.04 
 
 
387 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.04 
 
 
401 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.36 
 
 
405 aa  484  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  58.59 
 
 
397 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  60.71 
 
 
405 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  60.15 
 
 
392 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  58.07 
 
 
397 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.33 
 
 
397 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  58.27 
 
 
408 aa  475  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  57.69 
 
 
405 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.01 
 
 
404 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.4 
 
 
398 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  57.8 
 
 
398 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.12 
 
 
397 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  57.65 
 
 
398 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.36 
 
 
408 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  56.03 
 
 
409 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  57.07 
 
 
394 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.84 
 
 
395 aa  460  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  54.75 
 
 
404 aa  458  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  54.46 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.04 
 
 
397 aa  442  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  52.58 
 
 
405 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.42 
 
 
400 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  53.57 
 
 
397 aa  420  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  51.45 
 
 
403 aa  421  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  53.32 
 
 
397 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  50.25 
 
 
403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  53.07 
 
 
398 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  51.27 
 
 
408 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  49.61 
 
 
404 aa  402  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  50.51 
 
 
402 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  51.27 
 
 
408 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  50.25 
 
 
398 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  48.4 
 
 
371 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.34 
 
 
404 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  47.78 
 
 
404 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.16 
 
 
400 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  43.57 
 
 
391 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.99 
 
 
400 aa  214  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.4 
 
 
401 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.49 
 
 
383 aa  202  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.11 
 
 
399 aa  199  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.42 
 
 
405 aa  190  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.96 
 
 
401 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.27 
 
 
383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  30.3 
 
 
397 aa  182  7e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.92 
 
 
411 aa  181  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  30.62 
 
 
406 aa  176  8e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.07 
 
 
466 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.68 
 
 
487 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  30.52 
 
 
406 aa  174  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.15 
 
 
468 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  29.41 
 
 
468 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  28.99 
 
 
468 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  30.29 
 
 
402 aa  171  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  33.25 
 
 
396 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.01 
 
 
402 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.47 
 
 
462 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.31 
 
 
469 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  30.1 
 
 
388 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.46 
 
 
397 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.03 
 
 
434 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.47 
 
 
387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.95 
 
 
403 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.12 
 
 
463 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  31.85 
 
 
388 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  28.34 
 
 
484 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  30.46 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  29.1 
 
 
435 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  29.1 
 
 
435 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  27.88 
 
 
484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.88 
 
 
484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  30.46 
 
 
385 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  30.46 
 
 
388 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  30.46 
 
 
391 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  28.37 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.81 
 
 
434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7549  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.46 
 
 
403 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0306552 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4809  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.47 
 
 
257 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2516  chromosome segregation ATPase  29.96 
 
 
253 aa  113  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00725558  hitchhiker  0.00179458 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1931  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.07 
 
 
287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.741466  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3355  chromosome segregation ATPase  32.65 
 
 
268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2339  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.73 
 
 
261 aa  110  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0896384  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3425  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.82 
 
 
253 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0438  putative CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain protein  25.88 
 
 
250 aa  110  3e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.132493  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.35 
 
 
303 aa  111  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1531  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.82 
 
 
299 aa  110  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000837624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>