More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0001 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  100 
 
 		 408 aa  831    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  67.52 
 
 		 398 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  67.52 
 
 		 398 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  67.01 
 
 		 405 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  65.23 
 
 		 405 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  58.68 
 
 		 408 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  58.5 
 
 		 403 aa  490  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  59.46 
 
 		 420 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.25 
 
 		 420 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  59.07 
 
 		 405 aa  475  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  59.17 
 
 		 405 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  58.82 
 
 		 405 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.05 
 
 		 387 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.05 
 
 		 407 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  54.8 
 
 		 405 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  55.96 
 
 		 399 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  54.29 
 
 		 405 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  57.68 
 
 		 394 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.48 
 
 		 404 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  54.46 
 
 		 405 aa  454  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  54.9 
 
 		 409 aa  447  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  53.47 
 
 		 404 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  54.88 
 
 		 410 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  57.96 
 
 		 392 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  55.44 
 
 		 405 aa  438  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  54.5 
 
 		 408 aa  435  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  52.23 
 
 		 408 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  55.56 
 
 		 401 aa  433  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  51.24 
 
 		 404 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  52.26 
 
 		 398 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  55.1 
 
 		 395 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  52.97 
 
 		 404 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  51.85 
 
 		 397 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  52.1 
 
 		 397 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  53.81 
 
 		 397 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  53.28 
 
 		 397 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  49.5 
 
 		 404 aa  413  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  50.62 
 
 		 404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  48.53 
 
 		 403 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  51.55 
 
 		 400 aa  401  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  51.55 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  50.52 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  50.66 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  50.13 
 
 		 398 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  50 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  51.42 
 
 		 408 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  47.85 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  50.9 
 
 		 408 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  51.32 
 
 		 398 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  43.34 
 
 		 400 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.41 
 
 		 391 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.51 
 
 		 383 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.91 
 
 		 401 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.99 
 
 		 400 aa  196  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.28 
 
 		 405 aa  193  4e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.12 
 
 		 399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.97 
 
 		 401 aa  183  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.03 
 
 		 383 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.9 
 
 		 411 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  28.05 
 
 		 402 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  28.5 
 
 		 406 aa  155  8e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  28.39 
 
 		 406 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  29.35 
 
 		 397 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.95 
 
 		 469 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  29 
 
 		 468 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.31 
 
 		 468 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  30.77 
 
 		 396 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  28.31 
 
 		 468 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.64 
 
 		 387 aa  142  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.43 
 
 		 466 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.97 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  28.57 
 
 		 435 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.69 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  28.57 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  29.66 
 
 		 484 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  29.73 
 
 		 484 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.52 
 
 		 484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.71 
 
 		 434 aa  132  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.05 
 
 		 462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.85 
 
 		 463 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.78 
 
 		 397 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.89 
 
 		 402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  32.86 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  29.63 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  29.49 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  29.49 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  29.49 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  29.49 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.94 
 
 		 434 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  28.42 
 
 		 388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.93 
 
 		 303 aa  107  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1531  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.63 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000837624 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15300  chromosome partitioning ATPase  28.98 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.087048  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4954  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.65 
 
 		 253 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024691  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0206  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.34 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0134114  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0972  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.11 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19910  chromosome partitioning ATPase  29.84 
 
 		 293 aa  101  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0722  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.52 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2339  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.15 
 
 		 261 aa  100  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0896384  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1707  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.11 
 
 		 269 aa  100  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>