More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0095 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0095  plasmid partition protein ParA  100 
 
 		 399 aa  835    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08267  plasmid partition protein ParA  84.21 
 
 		 399 aa  707    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4366  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  97.99 
 
 		 399 aa  823    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00100758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4451  cobyrinic acid ac-diamide synthase  98.5 
 
 		 399 aa  826    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.375885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4546  cobyrinic acid ac-diamide synthase  98.5 
 
 		 399 aa  826    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.931063  normal  0.514808 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_40  putative plasmid partition protein A  33.24 
 
 		 398 aa  182  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0786785  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000993  chromosome (plasmid) partitioning protein ParA  27.08 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1105  putative plasmid partition protein  27.54 
 
 		 407 aa  123  6e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.316048  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0130  ParA family protein  26.57 
 
 		 407 aa  122  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.58 
 
 		 398 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07049  hypothetical protein  26.04 
 
 		 405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.46 
 
 		 407 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.41 
 
 		 397 aa  116  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  23.96 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  22.31 
 
 		 402 aa  114  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  25.33 
 
 		 404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  24.36 
 
 		 406 aa  113  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  26.65 
 
 		 397 aa  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  26.65 
 
 		 397 aa  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  24.36 
 
 		 406 aa  113  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  23.96 
 
 		 397 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  24.8 
 
 		 409 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  25 
 
 		 399 aa  109  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.41 
 
 		 401 aa  107  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.05 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  24.24 
 
 		 392 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  23.81 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.22 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  24.74 
 
 		 403 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  23.48 
 
 		 405 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.78 
 
 		 404 aa  100  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  24.06 
 
 		 420 aa  99  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  23.46 
 
 		 404 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.19 
 
 		 397 aa  99  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.06 
 
 		 404 aa  98.2  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.95 
 
 		 408 aa  96.7  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  23.9 
 
 		 394 aa  96.3  9e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  26.56 
 
 		 402 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  22.73 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  24.12 
 
 		 408 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  24 
 
 		 405 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.18 
 
 		 395 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  22.87 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  24.18 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  23.22 
 
 		 410 aa  94  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  22.76 
 
 		 405 aa  93.2  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.38 
 
 		 383 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  26.52 
 
 		 398 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.51 
 
 		 400 aa  90.1  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.43 
 
 		 397 aa  89.7  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.08 
 
 		 411 aa  89.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.71 
 
 		 466 aa  89  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  22.67 
 
 		 405 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  24.64 
 
 		 468 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  22.11 
 
 		 405 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  25.13 
 
 		 405 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  23.41 
 
 		 469 aa  87.4  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.06 
 
 		 391 aa  87  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.4 
 
 		 468 aa  86.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.09 
 
 		 404 aa  86.7  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.12 
 
 		 387 aa  87  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.26 
 
 		 398 aa  86.7  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  24.4 
 
 		 468 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  24.48 
 
 		 398 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  24.76 
 
 		 396 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.31 
 
 		 420 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  26.46 
 
 		 391 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  26.46 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0126  putative plasmid partition protein ParA  25.76 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.75003e-18 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  26.46 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  24.14 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.47 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  22.56 
 
 		 408 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  24.94 
 
 		 398 aa  83.2  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0359  sporulation initiation inhibitor protein soj  37.13 
 
 		 260 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00437391  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.64 
 
 		 487 aa  82.4  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  24.05 
 
 		 388 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.46 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.07 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  23.61 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  24.05 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  22.65 
 
 		 400 aa  80.9  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4226  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.08 
 
 		 405 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.533792 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  25.25 
 
 		 405 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1389  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.41 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.170838 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2941  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.62 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1305  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1372  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2031  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.8 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.488481 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  22.67 
 
 		 388 aa  79.7  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3204  ParA family protein  33.33 
 
 		 263 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0508  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.33 
 
 		 261 aa  79.3  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  21.88 
 
 		 401 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1267  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.49 
 
 		 293 aa  79.3  0.0000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  23.1 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1526  parA family protein  31.14 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.429591  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02865  putative ParA family protein  34.12 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.827974  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1532  SpoOJ regulator protein  34.34 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0006  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.18 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2913  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.75 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.67187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>