More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7077 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  100 
 
 		 224 aa  453  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  61.01 
 
 		 225 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  59.19 
 
 		 224 aa  268  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  54.79 
 
 		 225 aa  258  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  56.16 
 
 		 224 aa  256  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  54.79 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  54.79 
 
 		 224 aa  242  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  46.85 
 
 		 231 aa  208  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  49.55 
 
 		 225 aa  201  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.5 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  46.08 
 
 		 222 aa  185  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  46.38 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  47.18 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  44.7 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  48.21 
 
 		 208 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.94 
 
 		 225 aa  175  4e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  42.65 
 
 		 215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  46.51 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.41 
 
 		 237 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.79 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.51 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  41.71 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  46.53 
 
 		 227 aa  156  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.5 
 
 		 223 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.51 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  40 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.5 
 
 		 231 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.76 
 
 		 450 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.27 
 
 		 229 aa  144  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.91 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.91 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.91 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  43.32 
 
 		 215 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.44 
 
 		 232 aa  141  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1435  dimethylmenaquinone methyltransferase  58.41 
 
 		 116 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.44 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.38 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.38 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.07 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.67 
 
 		 187 aa  132  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.15 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  38.5 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.07 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  40.46 
 
 		 216 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.85 
 
 		 232 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.65 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.86 
 
 		 196 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  36.76 
 
 		 224 aa  125  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  34.76 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.91 
 
 		 229 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  35.68 
 
 		 212 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1432  dimethylmenaquinone methyltransferase  59.41 
 
 		 103 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.84 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.38 
 
 		 205 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  35.03 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  35.59 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  38.36 
 
 		 227 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  38.34 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  34.44 
 
 		 235 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  34.64 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.88 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.26 
 
 		 224 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.8 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  37.43 
 
 		 234 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  33.16 
 
 		 228 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  34.71 
 
 		 212 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  42.34 
 
 		 203 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  34.52 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.92 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  36.31 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1224  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.82 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.84 
 
 		 224 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.5 
 
 		 216 aa  105  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.76 
 
 		 204 aa  105  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  35.71 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.34 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  31.38 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.52 
 
 		 219 aa  102  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.26 
 
 		 198 aa  101  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.85 
 
 		 220 aa  101  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  30.32 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  30.32 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.87 
 
 		 426 aa  100  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  30.32 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  32.34 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  31.87 
 
 		 237 aa  99.8  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.67 
 
 		 207 aa  99.4  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1837  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.55 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.98 
 
 		 428 aa  98.2  8e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03235  hypothetical protein  36.2 
 
 		 219 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2666  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.12 
 
 		 207 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  30.57 
 
 		 238 aa  96.7  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0876  hypothetical protein  35.97 
 
 		 231 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41177  normal  0.375435 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.58 
 
 		 429 aa  94  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  33.33 
 
 		 227 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.23 
 
 		 428 aa  93.6  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 		 205 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0200  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.26 
 
 		 208 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.23529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>