More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7084 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7084  dehydrogenase  100 
 
 		 392 aa  788    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  69.87 
 
 		 395 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  70.54 
 
 		 395 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  0.602463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.69 
 
 		 415 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  61.08 
 
 		 431 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1661  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60 
 
 		 415 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.21 
 
 		 411 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0813  FMN-dependent family dehydrogenase  60.53 
 
 		 407 aa  456  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407969  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1696  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.79 
 
 		 405 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320518  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1565  FMN-dependent family dehydrogenase  60.26 
 
 		 407 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2112  FMN-dependent family dehydrogenase  60.26 
 
 		 447 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  60.26 
 
 		 441 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2199  FMN-dependent family dehydrogenase  60.26 
 
 		 441 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.258331  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0717  FMN-dependent family dehydrogenase  60.26 
 
 		 447 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2038  FMN-dependent family dehydrogenase  60.26 
 
 		 441 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3410  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  51.31 
 
 		 435 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.194367  hitchhiker  0.0000661899 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0228  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  51.85 
 
 		 439 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2428  putative L-lactate dehydrogenase  48.03 
 
 		 396 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.487659 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.93 
 
 		 412 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  43.26 
 
 		 399 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.58 
 
 		 401 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.79 
 
 		 415 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1020  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.58 
 
 		 372 aa  252  8.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168014  normal  0.586617 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.87 
 
 		 378 aa  250  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3706  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.11 
 
 		 409 aa  247  3e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.267728  normal  0.192703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.31 
 
 		 386 aa  247  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3045  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.43 
 
 		 374 aa  247  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6402  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.64 
 
 		 402 aa  246  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  38.27 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.16 
 
 		 379 aa  243  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.63 
 
 		 380 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  35.9 
 
 		 381 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  35.9 
 
 		 381 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.36 
 
 		 391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 		 383 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.83 
 
 		 380 aa  243  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  38.75 
 
 		 386 aa  243  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.15 
 
 		 399 aa  242  6e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  37 
 
 		 383 aa  243  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  39.84 
 
 		 381 aa  242  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.87 
 
 		 385 aa  242  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.83 
 
 		 381 aa  242  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.4 
 
 		 405 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.4 
 
 		 391 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  38.03 
 
 		 379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 379 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  41.02 
 
 		 379 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.81 
 
 		 381 aa  238  9e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.27 
 
 		 390 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  38.75 
 
 		 381 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  38.75 
 
 		 381 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.27 
 
 		 390 aa  238  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.93 
 
 		 383 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  38.75 
 
 		 381 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  38.48 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2488  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.96 
 
 		 385 aa  237  3e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0763521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5475  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.9 
 
 		 396 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5045  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.6 
 
 		 394 aa  236  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  38.42 
 
 		 380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  37.8 
 
 		 386 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  36.94 
 
 		 381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  37.17 
 
 		 394 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  38.27 
 
 		 392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  34.78 
 
 		 397 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  38.21 
 
 		 396 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3343  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.18 
 
 		 417 aa  231  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.326898  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  38.21 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.41 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  38.21 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.34 
 
 		 378 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  38.21 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.98 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  38.21 
 
 		 396 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.57 
 
 		 397 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  39.02 
 
 		 381 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  39.08 
 
 		 388 aa  229  6e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2487  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.32 
 
 		 387 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0268147  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0829  lactate dehydrogenase  34.32 
 
 		 387 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.967282  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  39.02 
 
 		 381 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  37.17 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  37.94 
 
 		 395 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1041  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.33 
 
 		 458 aa  228  1e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  37.94 
 
 		 378 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.29 
 
 		 390 aa  227  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5297  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.93 
 
 		 422 aa  227  3e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12000  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  37.4 
 
 		 418 aa  227  3e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1846  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.2 
 
 		 382 aa  226  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  39.08 
 
 		 381 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.14 
 
 		 411 aa  226  6e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607996  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  39.08 
 
 		 381 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  39.08 
 
 		 381 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1403  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.08 
 
 		 368 aa  226  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00336342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>