More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1020 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1020  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
372 aa  740    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168014  normal  0.586617 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  60.27 
 
 
401 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  48.24 
 
 
394 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  48.15 
 
 
357 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3045  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.6 
 
 
374 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2401  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.16 
 
 
391 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893947  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  46.3 
 
 
399 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  43.12 
 
 
415 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.99 
 
 
390 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  44.2 
 
 
399 aa  279  6e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.35 
 
 
380 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.92 
 
 
378 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  45.14 
 
 
441 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1565  FMN-dependent family dehydrogenase  45.14 
 
 
407 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0717  FMN-dependent family dehydrogenase  45.14 
 
 
447 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2112  FMN-dependent family dehydrogenase  45.14 
 
 
447 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2199  FMN-dependent family dehydrogenase  45.14 
 
 
441 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.258331  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2038  FMN-dependent family dehydrogenase  45.14 
 
 
441 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  42.4 
 
 
378 aa  276  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  40.16 
 
 
386 aa  276  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7084  dehydrogenase  41.58 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3410  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.27 
 
 
435 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.194367  hitchhiker  0.0000661899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  42.9 
 
 
383 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0813  FMN-dependent family dehydrogenase  44.41 
 
 
407 aa  272  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407969  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.11 
 
 
395 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  39.41 
 
 
379 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  40.48 
 
 
379 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  42.36 
 
 
383 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.7 
 
 
411 aa  270  2.9999999999999997e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607996  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40 
 
 
406 aa  270  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.58 
 
 
391 aa  269  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  45.41 
 
 
415 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.95 
 
 
395 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  0.602463 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.54 
 
 
380 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  39.68 
 
 
386 aa  268  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.3 
 
 
405 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.16 
 
 
386 aa  266  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5297  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.46 
 
 
422 aa  266  5e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.6 
 
 
383 aa  265  7e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  40.37 
 
 
386 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.71 
 
 
381 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  38.71 
 
 
381 aa  264  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  38.71 
 
 
381 aa  264  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.16 
 
 
431 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1661  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.43 
 
 
415 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448458  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.35 
 
 
381 aa  264  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.14 
 
 
390 aa  263  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  41.6 
 
 
379 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.14 
 
 
390 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  40.37 
 
 
392 aa  263  4.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1696  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.4 
 
 
405 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320518  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  39.68 
 
 
381 aa  261  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3706  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.78 
 
 
409 aa  261  2e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.267728  normal  0.192703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.22 
 
 
385 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  39.68 
 
 
381 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1831  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.21 
 
 
390 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0453167  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  39.68 
 
 
381 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.59 
 
 
379 aa  261  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.05 
 
 
381 aa  260  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.25 
 
 
388 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.96 
 
 
397 aa  259  6e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.32 
 
 
358 aa  259  7e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  39.84 
 
 
381 aa  259  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1403  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.69 
 
 
368 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00336342 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0228  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.67 
 
 
439 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12000  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  41.03 
 
 
418 aa  258  2e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  40.8 
 
 
381 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  37.7 
 
 
380 aa  256  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.57 
 
 
383 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.54 
 
 
385 aa  256  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0758  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.1 
 
 
417 aa  256  4e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.693198  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
396 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
396 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
396 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1041  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.24 
 
 
458 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
396 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.33 
 
 
388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  40.38 
 
 
388 aa  253  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.78 
 
 
391 aa  253  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  8.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3293  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.76 
 
 
403 aa  252  8.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0836045  hitchhiker  0.00293755 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  39.95 
 
 
395 aa  252  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  39.13 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  39.13 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  39.13 
 
 
396 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.77 
 
 
390 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  39.95 
 
 
396 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  37.8 
 
 
378 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  40.65 
 
 
381 aa  251  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4230  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.49 
 
 
389 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5439  L-lactate dehydrogenase  39.78 
 
 
379 aa  251  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.82 
 
 
383 aa  250  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  38.34 
 
 
381 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.53 
 
 
400 aa  249  7e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0280  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.82 
 
 
410 aa  249  7e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>