More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6402 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6402  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 
402 aa  809    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3045  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.15 
 
 
374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  40.86 
 
 
394 aa  265  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.34 
 
 
390 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1661  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.59 
 
 
415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448458  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1831  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.68 
 
 
390 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0453167  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.36 
 
 
395 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  0.602463 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7084  dehydrogenase  40.64 
 
 
392 aa  246  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.04 
 
 
395 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5045  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.04 
 
 
394 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2622  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.3 
 
 
398 aa  242  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.737171  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.74 
 
 
401 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.21 
 
 
431 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.69 
 
 
415 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  39.42 
 
 
441 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0717  FMN-dependent family dehydrogenase  39.42 
 
 
447 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1565  FMN-dependent family dehydrogenase  39.42 
 
 
407 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2199  FMN-dependent family dehydrogenase  39.42 
 
 
441 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.258331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2112  FMN-dependent family dehydrogenase  39.42 
 
 
447 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2038  FMN-dependent family dehydrogenase  39.42 
 
 
441 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0228  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.43 
 
 
439 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.19 
 
 
357 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.94 
 
 
406 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1682  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.12 
 
 
403 aa  233  6e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000210752  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  34.43 
 
 
381 aa  232  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3410  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.26 
 
 
435 aa  231  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.194367  hitchhiker  0.0000661899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.7 
 
 
399 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4230  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.7 
 
 
389 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4248  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.52 
 
 
397 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0525858  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.12 
 
 
397 aa  230  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.22 
 
 
381 aa  229  7e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0813  FMN-dependent family dehydrogenase  38.93 
 
 
407 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407969  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2484  cytochrome containing L-lactate dehydrogenase  37.43 
 
 
389 aa  228  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.6 
 
 
381 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.04 
 
 
379 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  34.76 
 
 
381 aa  227  4e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  34.76 
 
 
381 aa  227  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.32 
 
 
402 aa  227  4e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1403  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.13 
 
 
368 aa  226  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00336342 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.78 
 
 
402 aa  225  9e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.12 
 
 
391 aa  225  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1696  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.07 
 
 
405 aa  225  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320518  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.85 
 
 
405 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.69 
 
 
379 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.11 
 
 
391 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.38 
 
 
411 aa  222  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.87 
 
 
379 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.93 
 
 
386 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.68 
 
 
400 aa  219  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.14 
 
 
378 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.15 
 
 
380 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.62 
 
 
379 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0829  lactate dehydrogenase  33.33 
 
 
387 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.967282  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0350  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.33 
 
 
387 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0673391  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2026  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.38 
 
 
389 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2487  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.33 
 
 
387 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0268147  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  32.89 
 
 
390 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.36 
 
 
415 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0415  L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.596015  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1750  L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0374  L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0688982  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1229  L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0499523  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1563  L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.69 
 
 
385 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2872  putative L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.279679  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2990  putative L-lactate dehydrogenase  36.63 
 
 
380 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181146  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.68 
 
 
385 aa  216  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5297  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.11 
 
 
422 aa  215  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4075  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.16 
 
 
387 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72179  normal  0.076317 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2401  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.93 
 
 
391 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893947  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.51 
 
 
381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.34 
 
 
390 aa  213  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1463  FMN-dependent dehydrogenase  35.39 
 
 
440 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.675409  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0315  FMN-dependent dehydrogenase  35.39 
 
 
440 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0990352  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0283  FMN-dependent dehydrogenase  35.39 
 
 
412 aa  212  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0882  FMN-dependent dehydrogenase  35.39 
 
 
412 aa  212  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.726266  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2444  FMN-dependent dehydrogenase  35.39 
 
 
412 aa  212  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2580  L-lactate dehydrogenase  35.39 
 
 
412 aa  212  9e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0219  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.65 
 
 
387 aa  212  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.88 
 
 
380 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1660  FMN-dependent dehydrogenase  35.12 
 
 
440 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.599587  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5062  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.49 
 
 
385 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.926259  normal  0.580751 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.71 
 
 
378 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  34.83 
 
 
386 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.5 
 
 
381 aa  210  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.96 
 
 
383 aa  210  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  36.15 
 
 
384 aa  209  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1020  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.86 
 
 
372 aa  209  8e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168014  normal  0.586617 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  34.4 
 
 
379 aa  209  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.21 
 
 
390 aa  209  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  34.21 
 
 
390 aa  209  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.8 
 
 
383 aa  208  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0107  putative FMN-dependent dehydrogenase  32.98 
 
 
420 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  35.79 
 
 
397 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0468  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.91 
 
 
390 aa  206  5e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000798916  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.84 
 
 
411 aa  206  8e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607996  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.79 
 
 
388 aa  206  9e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0579  FMN-dependent dehydrogenase  35.9 
 
 
412 aa  205  9e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  34.85 
 
 
386 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  32.9 
 
 
386 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>