More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1305 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 		 379 aa  776    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  87.04 
 
 		 379 aa  678    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  94.72 
 
 		 379 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  92.88 
 
 		 379 aa  729    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  77.51 
 
 		 381 aa  620  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  77.84 
 
 		 378 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.79 
 
 		 391 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  61.8 
 
 		 381 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  61.01 
 
 		 381 aa  483  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  61.01 
 
 		 381 aa  483  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  59.37 
 
 		 383 aa  478  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.37 
 
 		 386 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.74 
 
 		 385 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.52 
 
 		 385 aa  472  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.1 
 
 		 378 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  58.84 
 
 		 383 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.78 
 
 		 390 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  57.52 
 
 		 390 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  60.16 
 
 		 391 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  58.84 
 
 		 383 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  59.15 
 
 		 386 aa  461  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58.09 
 
 		 381 aa  464  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  60.16 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.78 
 
 		 390 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  60.43 
 
 		 397 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.52 
 
 		 383 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  56.99 
 
 		 388 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  57.26 
 
 		 380 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.52 
 
 		 381 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0350  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.53 
 
 		 387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0673391  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4075  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.27 
 
 		 387 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72179  normal  0.076317 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2487  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.26 
 
 		 387 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0268147  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0829  lactate dehydrogenase  57.26 
 
 		 387 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.967282  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  56.3 
 
 		 380 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3178  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58.68 
 
 		 414 aa  450  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  57.03 
 
 		 390 aa  450  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2872  putative L-lactate dehydrogenase  56.91 
 
 		 380 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.279679  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0374  L-lactate dehydrogenase  57.18 
 
 		 380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0688982  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1750  L-lactate dehydrogenase  57.18 
 
 		 380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1229  L-lactate dehydrogenase  57.18 
 
 		 380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0499523  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1563  L-lactate dehydrogenase  57.18 
 
 		 380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  59.45 
 
 		 387 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2990  putative L-lactate dehydrogenase  56.91 
 
 		 380 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181146  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0415  L-lactate dehydrogenase  57.18 
 
 		 380 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.596015  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0219  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  56.18 
 
 		 387 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1682  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  55.38 
 
 		 403 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000210752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.17 
 
 		 402 aa  436  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  55.01 
 
 		 406 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.17 
 
 		 402 aa  433  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  56.55 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2077  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53.85 
 
 		 394 aa  422  1e-117  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0468  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  52.79 
 
 		 390 aa  410  1e-113  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000798916  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5062  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  52.42 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.926259  normal  0.580751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  48.41 
 
 		 380 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  48.4 
 
 		 384 aa  361  9e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  47.61 
 
 		 381 aa  361  1e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  45.21 
 
 		 400 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3608  L-lactate dehydrogenase  47.35 
 
 		 380 aa  352  5.9999999999999994e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.54 
 
 		 388 aa  352  7e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  352  8e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  352  8e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  45.89 
 
 		 396 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  45.89 
 
 		 396 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  352  8.999999999999999e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  46.42 
 
 		 386 aa  352  8.999999999999999e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  46.01 
 
 		 379 aa  351  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  47.62 
 
 		 379 aa  351  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  351  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  46.68 
 
 		 386 aa  350  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  45.87 
 
 		 392 aa  349  5e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  45.5 
 
 		 379 aa  347  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.4 
 
 		 379 aa  347  3e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  44.95 
 
 		 378 aa  346  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2810  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.7 
 
 		 382 aa  345  6e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  47.34 
 
 		 381 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  45.48 
 
 		 381 aa  343  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.7 
 
 		 383 aa  344  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  45.48 
 
 		 381 aa  343  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  45.48 
 
 		 381 aa  343  2e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  47.07 
 
 		 381 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  45.89 
 
 		 396 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  46.83 
 
 		 388 aa  342  5.999999999999999e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  45.62 
 
 		 396 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.86 
 
 		 395 aa  339  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  46.3 
 
 		 378 aa  338  8e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  45.09 
 
 		 395 aa  337  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5439  L-lactate dehydrogenase  45.21 
 
 		 379 aa  334  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  46.01 
 
 		 381 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  46.01 
 
 		 381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  45.48 
 
 		 381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  45.48 
 
 		 381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3855  L-lactate dehydrogenase  46.68 
 
 		 380 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.011848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2580  L-lactate dehydrogenase  42.39 
 
 		 412 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2444  FMN-dependent dehydrogenase  42.39 
 
 		 412 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>