299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5475 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5475  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 
396 aa  796    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4877  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.32 
 
 
379 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.414226 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1661  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.15 
 
 
415 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.13 
 
 
431 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3706  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40 
 
 
409 aa  270  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.267728  normal  0.192703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.78 
 
 
401 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.11 
 
 
378 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  39.62 
 
 
399 aa  258  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0717  FMN-dependent family dehydrogenase  42.32 
 
 
447 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  42.32 
 
 
441 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2038  FMN-dependent family dehydrogenase  42.32 
 
 
441 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1565  FMN-dependent family dehydrogenase  42.32 
 
 
407 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0813  FMN-dependent family dehydrogenase  42.25 
 
 
407 aa  257  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.41 
 
 
379 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2199  FMN-dependent family dehydrogenase  42.32 
 
 
441 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.258331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2112  FMN-dependent family dehydrogenase  42.32 
 
 
447 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  38.07 
 
 
394 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.53 
 
 
415 aa  255  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0228  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  38.48 
 
 
439 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11900  L-lactate dehydrogenase (cytochrome) lldD2  40.21 
 
 
414 aa  251  1e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.877385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.12 
 
 
406 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.33 
 
 
379 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.61 
 
 
379 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3410  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.12 
 
 
435 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.194367  hitchhiker  0.0000661899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.04 
 
 
395 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  0.602463 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3141  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.97 
 
 
410 aa  248  2e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.4786 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.73 
 
 
381 aa  247  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0280  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  39.72 
 
 
410 aa  247  3e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3293  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.32 
 
 
403 aa  245  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0836045  hitchhiker  0.00293755 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.95 
 
 
386 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5297  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.16 
 
 
422 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3343  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.3 
 
 
417 aa  243  3e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.326898  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2580  L-lactate dehydrogenase  37.63 
 
 
412 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0758  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.06 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.693198  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.47 
 
 
357 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.8 
 
 
379 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  38.65 
 
 
383 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  38.65 
 
 
383 aa  242  9e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  40.21 
 
 
378 aa  241  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  39.73 
 
 
386 aa  241  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0283  FMN-dependent dehydrogenase  37.44 
 
 
412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0882  FMN-dependent dehydrogenase  37.44 
 
 
412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.726266  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2444  FMN-dependent dehydrogenase  37.44 
 
 
412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0315  FMN-dependent dehydrogenase  37.44 
 
 
440 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0990352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  40.59 
 
 
386 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2488  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.07 
 
 
385 aa  240  2.9999999999999997e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0763521  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1463  FMN-dependent dehydrogenase  37.44 
 
 
440 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.675409  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.42 
 
 
397 aa  239  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1660  FMN-dependent dehydrogenase  37.18 
 
 
440 aa  239  8e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.599587  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.12 
 
 
388 aa  239  9e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.46 
 
 
391 aa  238  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  37.67 
 
 
409 aa  238  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0107  putative FMN-dependent dehydrogenase  38.65 
 
 
420 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1696  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.99 
 
 
405 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320518  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.74 
 
 
415 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1831  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.81 
 
 
390 aa  237  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0453167  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.03 
 
 
381 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  37.8 
 
 
381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  37.8 
 
 
381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.62 
 
 
411 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  37.8 
 
 
381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  39.79 
 
 
380 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7084  dehydrogenase  36.9 
 
 
392 aa  236  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.26 
 
 
395 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.29 
 
 
390 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.14 
 
 
411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607996  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.95 
 
 
383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  39.84 
 
 
392 aa  234  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.19 
 
 
385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.61 
 
 
380 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.24 
 
 
381 aa  232  9e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3713  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.7 
 
 
382 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.628377 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.68 
 
 
379 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.64 
 
 
391 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.69 
 
 
385 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2436  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.24 
 
 
427 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  38.56 
 
 
379 aa  230  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  35.95 
 
 
381 aa  230  4e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  35.95 
 
 
381 aa  230  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0668  (S)-mandelate dehydrogenase  40.16 
 
 
391 aa  229  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.53 
 
 
397 aa  229  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0579  FMN-dependent dehydrogenase  38.54 
 
 
412 aa  228  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.63 
 
 
370 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.7 
 
 
378 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.03 
 
 
388 aa  227  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37 
 
 
399 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.07 
 
 
380 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.12 
 
 
402 aa  225  8e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  32.98 
 
 
381 aa  225  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.85 
 
 
402 aa  225  1e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12000  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  36.81 
 
 
418 aa  225  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.55 
 
 
390 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  36.66 
 
 
390 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  37.5 
 
 
396 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.5 
 
 
396 aa  224  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
396 aa  224  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.09 
 
 
405 aa  224  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
396 aa  224  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
396 aa  224  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  37.5 
 
 
396 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>