58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7002 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 404 aa  833    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  72.28 
 
 		 404 aa  587  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  68.18 
 
 		 404 aa  565  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  66.41 
 
 		 404 aa  559  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  66.67 
 
 		 409 aa  551  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  57.97 
 
 		 414 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  54.61 
 
 		 434 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  53.79 
 
 		 435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  53.72 
 
 		 430 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  52.93 
 
 		 434 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  52.3 
 
 		 434 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  52.97 
 
 		 404 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  51.52 
 
 		 434 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  54.21 
 
 		 402 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  53.47 
 
 		 404 aa  434  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  53.22 
 
 		 425 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  49.87 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  49.62 
 
 		 410 aa  394  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  48.87 
 
 		 410 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  48.23 
 
 		 402 aa  378  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  45.83 
 
 		 437 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  48.13 
 
 		 404 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  47.04 
 
 		 449 aa  363  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  45.98 
 
 		 423 aa  362  9e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  45.54 
 
 		 401 aa  361  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  44.7 
 
 		 441 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  43.69 
 
 		 436 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  43.72 
 
 		 425 aa  334  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  43.4 
 
 		 403 aa  327  3e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  44 
 
 		 393 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  42.97 
 
 		 397 aa  297  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  42.97 
 
 		 397 aa  297  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  39.85 
 
 		 405 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  41.58 
 
 		 541 aa  272  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  37.2 
 
 		 407 aa  248  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  40.09 
 
 		 433 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  35.82 
 
 		 409 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  37.3 
 
 		 403 aa  229  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  35.04 
 
 		 411 aa  220  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  37.1 
 
 		 403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  28.07 
 
 		 426 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  32.01 
 
 		 413 aa  130  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  26.13 
 
 		 463 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  27.12 
 
 		 463 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  28.31 
 
 		 451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  29.32 
 
 		 376 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  26.13 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  26.32 
 
 		 453 aa  98.2  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  25 
 
 		 510 aa  97.1  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  26.8 
 
 		 381 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  24.2 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  26.56 
 
 		 426 aa  79.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  24.35 
 
 		 420 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  28.94 
 
 		 426 aa  72  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  23.54 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  25.12 
 
 		 405 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3896  replication protein C  24.07 
 
 		 420 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00360794  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2394  hypothetical protein  20.33 
 
 		 365 aa  44.3  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542724  normal  0.67832 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>