54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8201 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  100 
 
 		 420 aa  856    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  55.9 
 
 		 397 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  26.4 
 
 		 426 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  30.18 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  29.44 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  28.08 
 
 		 434 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  27.85 
 
 		 435 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  28.57 
 
 		 426 aa  99.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  25.92 
 
 		 436 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  28.81 
 
 		 413 aa  97.8  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  26.85 
 
 		 453 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  24.34 
 
 		 441 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  26.56 
 
 		 403 aa  91.3  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  26.41 
 
 		 425 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  23.49 
 
 		 463 aa  86.7  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25.73 
 
 		 427 aa  86.3  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  26.76 
 
 		 437 aa  86.3  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  24.87 
 
 		 449 aa  86.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  25.73 
 
 		 403 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  24.56 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  23.94 
 
 		 393 aa  84  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  24.17 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  23.99 
 
 		 404 aa  83.6  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  25.69 
 
 		 434 aa  83.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  25.26 
 
 		 423 aa  83.6  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  26.34 
 
 		 434 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  25.52 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  25.45 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  23.77 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  25.92 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  25.83 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  24.35 
 
 		 404 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  26.22 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  22.84 
 
 		 411 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  25.19 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  24.48 
 
 		 409 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  26.98 
 
 		 463 aa  75.1  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  22.35 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  22.99 
 
 		 430 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  24.77 
 
 		 410 aa  73.2  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  25.52 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  23.71 
 
 		 410 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  23.24 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  23.66 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  24.14 
 
 		 401 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  23.66 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  35.21 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  25.07 
 
 		 376 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  23.2 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  22.66 
 
 		 541 aa  60.5  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  25.36 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  22.81 
 
 		 402 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  22.37 
 
 		 407 aa  50.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  27.36 
 
 		 381 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>