58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5175 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 402 aa  818    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  60.19 
 
 		 435 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  59.86 
 
 		 434 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  59.43 
 
 		 430 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  56.45 
 
 		 434 aa  471  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  55.99 
 
 		 434 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  55.5 
 
 		 434 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  57.89 
 
 		 404 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  57.82 
 
 		 404 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  59.19 
 
 		 425 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  51.82 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  54.21 
 
 		 404 aa  440  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  54.09 
 
 		 404 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  56.14 
 
 		 404 aa  431  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  54.07 
 
 		 409 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  53.22 
 
 		 404 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  53.9 
 
 		 404 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  52.28 
 
 		 402 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  51.08 
 
 		 410 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  50.36 
 
 		 410 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  48.48 
 
 		 437 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  50.86 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  51.48 
 
 		 401 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  47.83 
 
 		 393 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  47.57 
 
 		 403 aa  350  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  45.23 
 
 		 449 aa  348  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  49.1 
 
 		 397 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  49.1 
 
 		 397 aa  347  3e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  44.22 
 
 		 436 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  43.75 
 
 		 423 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  44.53 
 
 		 441 aa  326  5e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  42.23 
 
 		 425 aa  318  7.999999999999999e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  47.44 
 
 		 541 aa  302  7.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  44.65 
 
 		 409 aa  302  9e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  44.27 
 
 		 407 aa  292  7e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  39.8 
 
 		 405 aa  260  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  41.94 
 
 		 433 aa  259  8e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  40.11 
 
 		 403 aa  236  7e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  36.92 
 
 		 411 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  38.77 
 
 		 403 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  29.61 
 
 		 426 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  26.21 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  32.59 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  29.21 
 
 		 451 aa  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  28.85 
 
 		 453 aa  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  27.21 
 
 		 463 aa  99.4  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  27.97 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  28.3 
 
 		 381 aa  94  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  24.93 
 
 		 510 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  26.08 
 
 		 427 aa  87.8  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  25.8 
 
 		 397 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  24.93 
 
 		 426 aa  68.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  26.42 
 
 		 426 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2394  hypothetical protein  23.14 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542724  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  25 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  22.81 
 
 		 420 aa  57  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  26.42 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3896  replication protein C  25.97 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00360794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>