57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4279 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  89.27 
 
 		 410 aa  748    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 410 aa  835    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  94.15 
 
 		 410 aa  787    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  49.53 
 
 		 435 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  49.66 
 
 		 434 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  51.99 
 
 		 402 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  50.12 
 
 		 434 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  50.85 
 
 		 401 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  49.88 
 
 		 434 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  50.12 
 
 		 434 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  50.63 
 
 		 425 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  49.51 
 
 		 436 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  50.36 
 
 		 441 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  49.07 
 
 		 425 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  49.76 
 
 		 423 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  51.09 
 
 		 404 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  48.24 
 
 		 430 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  49.4 
 
 		 449 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  48.87 
 
 		 404 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  50.36 
 
 		 402 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  48.66 
 
 		 404 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  49.87 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  48.12 
 
 		 404 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  45.71 
 
 		 414 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  48.18 
 
 		 409 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  48.62 
 
 		 404 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  48.38 
 
 		 404 aa  361  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  47.76 
 
 		 403 aa  358  8e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  52.13 
 
 		 541 aa  352  5e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  43.67 
 
 		 437 aa  350  3e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  44.39 
 
 		 393 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  44.42 
 
 		 397 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  44.42 
 
 		 397 aa  318  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  40 
 
 		 405 aa  272  9e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  40.15 
 
 		 403 aa  266  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  38.99 
 
 		 407 aa  263  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  39.37 
 
 		 411 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  40.1 
 
 		 403 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  37.86 
 
 		 409 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  40.37 
 
 		 433 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  29.11 
 
 		 426 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  31.67 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  28.76 
 
 		 451 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  26.83 
 
 		 463 aa  103  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  27.34 
 
 		 463 aa  98.6  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  26.56 
 
 		 427 aa  97.1  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  25.47 
 
 		 510 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  27.81 
 
 		 453 aa  94.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  29.1 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  28.49 
 
 		 381 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  24.09 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  23.71 
 
 		 420 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  27.2 
 
 		 426 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  25.6 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  26.33 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  42.67 
 
 		 426 aa  54.7  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3896  replication protein C  25.71 
 
 		 420 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00360794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>