58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9003 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 425 aa  871    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  75.38 
 
 		 441 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  70.78 
 
 		 436 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  65.14 
 
 		 449 aa  529  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  63.52 
 
 		 423 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  50.75 
 
 		 410 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  51.36 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  50.63 
 
 		 410 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  47.83 
 
 		 401 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  43.99 
 
 		 404 aa  350  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  45.01 
 
 		 409 aa  349  6e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  49.35 
 
 		 403 aa  347  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  45.78 
 
 		 414 aa  344  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  43.75 
 
 		 435 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  42.52 
 
 		 434 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  42.18 
 
 		 434 aa  342  9e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  42.18 
 
 		 434 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  44.5 
 
 		 425 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  44.81 
 
 		 404 aa  336  5.999999999999999e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  45.36 
 
 		 404 aa  335  9e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  44.09 
 
 		 430 aa  335  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  43.72 
 
 		 404 aa  334  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  42.89 
 
 		 434 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  44.27 
 
 		 402 aa  332  9e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  45.05 
 
 		 404 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  43.08 
 
 		 404 aa  326  5e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  45.05 
 
 		 404 aa  323  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  42.23 
 
 		 402 aa  318  7.999999999999999e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  40.53 
 
 		 437 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  47.2 
 
 		 541 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  43.12 
 
 		 393 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  41.16 
 
 		 397 aa  289  5.0000000000000004e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  41.16 
 
 		 397 aa  290  5.0000000000000004e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  40.77 
 
 		 405 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  37.63 
 
 		 411 aa  254  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  38.38 
 
 		 403 aa  246  6.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  37.22 
 
 		 403 aa  236  8e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  40.05 
 
 		 433 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  32.54 
 
 		 407 aa  207  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  33.16 
 
 		 409 aa  206  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  32.27 
 
 		 426 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  31.59 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  27.53 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  27.79 
 
 		 510 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  29.92 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  27.6 
 
 		 381 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  27.94 
 
 		 463 aa  92  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  25.64 
 
 		 463 aa  92.4  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  26.74 
 
 		 453 aa  89.7  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  23.88 
 
 		 397 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  23.77 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25.43 
 
 		 427 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  27.35 
 
 		 426 aa  68.2  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  25.26 
 
 		 426 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  24.34 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3896  replication protein C  24.93 
 
 		 420 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00360794  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  22.88 
 
 		 410 aa  47.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2394  hypothetical protein  24.05 
 
 		 365 aa  43.1  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542724  normal  0.67832 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>