57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3743 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  100 
 
 		 426 aa  868    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  34.32 
 
 		 463 aa  176  7e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  32.41 
 
 		 453 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  31.33 
 
 		 463 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  32.38 
 
 		 451 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  30.77 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  32.27 
 
 		 425 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  30.52 
 
 		 409 aa  158  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  29.76 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  31.14 
 
 		 404 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  29.72 
 
 		 434 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  30.97 
 
 		 435 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  31.48 
 
 		 434 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  29.75 
 
 		 404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  30.96 
 
 		 449 aa  153  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  31.58 
 
 		 401 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  28.68 
 
 		 436 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  28.54 
 
 		 441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  29.61 
 
 		 402 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  29.24 
 
 		 423 aa  146  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  30.13 
 
 		 410 aa  146  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  30.73 
 
 		 404 aa  146  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  29.14 
 
 		 404 aa  146  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  30.75 
 
 		 427 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  29.65 
 
 		 430 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  28.07 
 
 		 404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  31.19 
 
 		 404 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  32.82 
 
 		 413 aa  139  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  28.12 
 
 		 402 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  27.74 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  29.11 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  30.12 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  30.08 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  26.89 
 
 		 393 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  29.11 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  29.11 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  26.4 
 
 		 420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  28.03 
 
 		 410 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  28.86 
 
 		 397 aa  131  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  28.89 
 
 		 404 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  28.86 
 
 		 397 aa  130  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  29.77 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  29.74 
 
 		 541 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  28.23 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  27.88 
 
 		 437 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  26.39 
 
 		 405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  25.83 
 
 		 409 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  28.95 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  27.3 
 
 		 407 aa  99.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  29.14 
 
 		 376 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  24.86 
 
 		 381 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  25.76 
 
 		 410 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  51.9 
 
 		 426 aa  79.7  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  34.78 
 
 		 433 aa  70.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  35.33 
 
 		 426 aa  69.7  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  26.25 
 
 		 405 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3896  replication protein C  24.51 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00360794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>