56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4021 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 411 aa  847    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  58.31 
 
 		 403 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  56.8 
 
 		 403 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  40.76 
 
 		 410 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  39.37 
 
 		 410 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  38.89 
 
 		 410 aa  257  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  37.41 
 
 		 441 aa  256  4e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  38.73 
 
 		 393 aa  255  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  37.63 
 
 		 425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  37.26 
 
 		 403 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  37.77 
 
 		 449 aa  244  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  38.07 
 
 		 434 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  36.98 
 
 		 435 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  36.26 
 
 		 436 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  36.71 
 
 		 430 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  34.37 
 
 		 423 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  36.5 
 
 		 414 aa  233  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  36.64 
 
 		 434 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  36.3 
 
 		 409 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  35.92 
 
 		 404 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  37.44 
 
 		 437 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  36.53 
 
 		 434 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  36.67 
 
 		 434 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  38.37 
 
 		 425 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  38.17 
 
 		 433 aa  224  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  36.71 
 
 		 401 aa  223  4e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  35.59 
 
 		 402 aa  222  9e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  37.65 
 
 		 404 aa  222  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  39.02 
 
 		 541 aa  220  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  35.04 
 
 		 404 aa  220  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  34.9 
 
 		 397 aa  220  3.9999999999999997e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  35.65 
 
 		 404 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  34.9 
 
 		 397 aa  219  7e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  36.92 
 
 		 402 aa  217  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  37.08 
 
 		 404 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  35.02 
 
 		 404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  37.37 
 
 		 405 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  36.05 
 
 		 404 aa  212  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  34.18 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  32.47 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  29.77 
 
 		 426 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  28.57 
 
 		 451 aa  96.7  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  27.63 
 
 		 463 aa  92.8  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  26.74 
 
 		 413 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  28.02 
 
 		 463 aa  87.8  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  26.22 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  26.09 
 
 		 510 aa  80.5  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  27.58 
 
 		 453 aa  80.5  0.00000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  22.84 
 
 		 420 aa  76.3  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  26.96 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  24.57 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25.42 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  26.15 
 
 		 426 aa  65.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  24.65 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  23.98 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  24.43 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>