More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4523 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  100 
 
 		 541 aa  1090    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  52.93 
 
 		 410 aa  369  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  52.13 
 
 		 410 aa  364  2e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  53.39 
 
 		 410 aa  363  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  49.32 
 
 		 423 aa  330  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  47.2 
 
 		 425 aa  319  7.999999999999999e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  45.48 
 
 		 435 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  48.09 
 
 		 441 aa  317  3e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  44.47 
 
 		 434 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  45.09 
 
 		 434 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  47.44 
 
 		 402 aa  311  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  43.35 
 
 		 434 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  47.09 
 
 		 402 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  45.11 
 
 		 430 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  44.33 
 
 		 434 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  46.07 
 
 		 449 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  47.43 
 
 		 404 aa  303  6.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  48.54 
 
 		 403 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  45.28 
 
 		 436 aa  302  8.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  46.81 
 
 		 401 aa  298  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  44.5 
 
 		 404 aa  298  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  44.54 
 
 		 393 aa  294  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  45.1 
 
 		 425 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  46.17 
 
 		 404 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  43.01 
 
 		 404 aa  286  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  42.82 
 
 		 414 aa  286  7e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  42.63 
 
 		 409 aa  285  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  41.58 
 
 		 404 aa  284  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  45.78 
 
 		 404 aa  281  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  41.76 
 
 		 404 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  40.05 
 
 		 437 aa  266  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  42.7 
 
 		 397 aa  264  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  42.7 
 
 		 397 aa  264  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  38.99 
 
 		 405 aa  241  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  38.1 
 
 		 409 aa  231  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  39.69 
 
 		 403 aa  229  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  39.02 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  37.7 
 
 		 407 aa  227  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  41.26 
 
 		 433 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  39.75 
 
 		 403 aa  210  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  29.74 
 
 		 426 aa  133  9e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5078  putative ABC transporter, ATPase and permease components  90.91 
 
 		 690 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.104528 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1534  ABC transporter related  87.88 
 
 		 668 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.948204  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  31.38 
 
 		 451 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3192  ABC transporter related  45.95 
 
 		 701 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678636  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  31.47 
 
 		 453 aa  109  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2288  ABC transporter related  75.36 
 
 		 704 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418994  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  29.33 
 
 		 413 aa  107  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  30.42 
 
 		 376 aa  105  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  27.78 
 
 		 463 aa  103  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3455  ABC transporter related  79.31 
 
 		 705 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0337574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3684  ABC transporter related  65.22 
 
 		 714 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  28.97 
 
 		 463 aa  100  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  29.08 
 
 		 381 aa  93.6  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  25.13 
 
 		 510 aa  86.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25.88 
 
 		 427 aa  82  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  26.1 
 
 		 397 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0276  ABC transporter related  45.33 
 
 		 601 aa  68.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0356  ABC transporter related  44.57 
 
 		 596 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  22.66 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  51.52 
 
 		 598 aa  67  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.69 
 
 		 588 aa  67  0.0000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  53.23 
 
 		 598 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2350  ABC transporter related protein  40.24 
 
 		 620 aa  65.9  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  50 
 
 		 577 aa  65.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2528  ABC transporter related  33.86 
 
 		 580 aa  64.3  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000757065  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2131  ABC transporter related  47.69 
 
 		 617 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3364  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.7 
 
 		 772 aa  63.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2628  ABC transporter ATP-binding protein  47.69 
 
 		 658 aa  63.9  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3046  ABC transporter related  46.15 
 
 		 618 aa  63.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.752635 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3782  ABC transporter related  49.23 
 
 		 594 aa  63.9  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.91836  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0198  ABC transporter  43.06 
 
 		 572 aa  63.5  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3044  ABC transporter related  50 
 
 		 637 aa  63.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.989361  normal  0.444628 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2811  ABC transporter related  46.58 
 
 		 595 aa  63.5  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.882155 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1091  ABC transporter related  47.06 
 
 		 870 aa  63.2  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4426  ABC transporter related  41.49 
 
 		 603 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.368028  normal  0.0987215 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2299  ABC transporter related  56.14 
 
 		 611 aa  63.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000426406  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1195  ABC transporter related  47.69 
 
 		 569 aa  63.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.399686  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1823  ATPase  48.48 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1067  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  47.69 
 
 		 603 aa  63.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  46.03 
 
 		 582 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2532  ABC transporter related  43.94 
 
 		 609 aa  63.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00690658  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  46.03 
 
 		 582 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  46.03 
 
 		 582 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0736  ABC transporter related  46.38 
 
 		 578 aa  63.2  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1126  ABC transporter-related protein  47.69 
 
 		 603 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.76038  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2300  type I secretion system ATPase  36 
 
 		 739 aa  62.4  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  52.83 
 
 		 602 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0948  ABC transporter related  44.62 
 
 		 642 aa  62.4  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.336517  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1637  ABC transporter related  51.52 
 
 		 630 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135005  normal  0.475393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3203  ABC transporter related  47.69 
 
 		 617 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1216  ABC transporter related  50.77 
 
 		 597 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3526  ABC transporter related  36 
 
 		 598 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2780  ABC transporter related  48.48 
 
 		 637 aa  62  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1070  ABC transporter related protein  48.44 
 
 		 582 aa  61.6  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3356  ABC transporter related  36 
 
 		 594 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0405132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  50.77 
 
 		 596 aa  61.6  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  47.69 
 
 		 597 aa  62  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3493  ABC transporter related  46.97 
 
 		 608 aa  61.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  46.97 
 
 		 584 aa  61.2  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>