57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5002 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 405 aa  829    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  42 
 
 		 402 aa  293  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  41.16 
 
 		 404 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  41.13 
 
 		 410 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  40.36 
 
 		 393 aa  286  5.999999999999999e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  41.71 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  39.85 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  40.95 
 
 		 409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  38.97 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  40.49 
 
 		 410 aa  282  8.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  40 
 
 		 410 aa  281  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  41 
 
 		 401 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  41.18 
 
 		 397 aa  279  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  40.92 
 
 		 397 aa  278  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  38.32 
 
 		 434 aa  277  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  39.05 
 
 		 441 aa  276  3e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  40.77 
 
 		 425 aa  274  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  39.4 
 
 		 423 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  38.23 
 
 		 434 aa  273  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  40.8 
 
 		 436 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  38.17 
 
 		 434 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  40.29 
 
 		 425 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  38.93 
 
 		 435 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  39.8 
 
 		 402 aa  266  7e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  36.79 
 
 		 449 aa  264  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  37.24 
 
 		 430 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  40.67 
 
 		 403 aa  262  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  37.84 
 
 		 437 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  36.76 
 
 		 414 aa  259  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  40.33 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  38.38 
 
 		 404 aa  247  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  37.37 
 
 		 404 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  38.13 
 
 		 404 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  38.99 
 
 		 541 aa  235  8e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  37.37 
 
 		 411 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  39.38 
 
 		 403 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  36.47 
 
 		 433 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  35.36 
 
 		 407 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  33.88 
 
 		 409 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  35.6 
 
 		 403 aa  188  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  26.39 
 
 		 426 aa  123  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  28.31 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  29.11 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  26.26 
 
 		 463 aa  103  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  24.44 
 
 		 463 aa  102  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  25.51 
 
 		 510 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25.38 
 
 		 427 aa  87.8  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  24.66 
 
 		 453 aa  85.9  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  25.06 
 
 		 397 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  25.52 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  27.75 
 
 		 426 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  25.16 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  25.07 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  31.45 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2394  hypothetical protein  29.5 
 
 		 365 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542724  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  33.33 
 
 		 410 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  32.5 
 
 		 405 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>