More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5746 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5746  beta-lactamase  100 
 
 		 328 aa  663    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0186796  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3665  beta-lactamase  71.99 
 
 		 374 aa  484  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0974173 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2408  putative Beta-lactamase  51.79 
 
 		 366 aa  329  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.967786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0635  beta-lactamase  48.43 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4078  beta-lactamase  45.55 
 
 		 380 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119534  normal  0.98336 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3965  beta-lactamase  45.55 
 
 		 380 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5602  beta-lactamase  36.22 
 
 		 475 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2784  hypothetical protein  31.03 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259253  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0953  beta-lactamase  33.79 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.062274  normal  0.647225 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2520  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.28 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.155828  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2564  hypothetical protein  27.93 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00591943  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2529  beta-lactamase  28.62 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060591 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2750  hypothetical protein  27.93 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1900  beta-lactamase  29.86 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2758  hypothetical protein  27.93 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000446923 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2805  beta-lactamase  28.97 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6049  putative Beta-lactamase  30.07 
 
 		 524 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5729  beta-lactamase  34.68 
 
 		 389 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2763  beta-lactamase  27.93 
 
 		 305 aa  146  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.403076  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2485  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.59 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0277031  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2556  beta-lactamase  29.88 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0443651  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1013  beta-lactamase  30.59 
 
 		 598 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.373365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2638  beta-lactamase  29.39 
 
 		 387 aa  139  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3068  hypothetical protein  28.44 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1202  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  27.87 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3085  hypothetical protein  28.12 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2815  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  27.36 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.22186  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3052  beta-lactamase  26.42 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2775  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  27.5 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.522634  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3087  hypothetical protein  27.81 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00657543  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0282  beta-lactamase  27.97 
 
 		 363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0029  beta-lactamase  30.41 
 
 		 505 aa  123  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.667975  normal  0.0405415 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2842  hypothetical protein  26.58 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.653108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3056  hypothetical protein  26.58 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0766054  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1198  beta-lactamase  29.72 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.98564  normal  0.588017 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2835  beta-lactamase  27.04 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00277998  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4917  hypothetical protein  32.33 
 
 		 371 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.870689  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  28.52 
 
 		 397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2861  beta-lactamase  29.21 
 
 		 530 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2194  beta-lactamase  26.42 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179906 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2235  hypothetical protein  31.89 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0910  beta-lactamase  31.89 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  30.18 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4792  beta-lactamase  32.65 
 
 		 467 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1289  Beta-lactamase  30.65 
 
 		 359 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0992  beta-lactamase  30.89 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000425136 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1083  beta-lactamase  31.02 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2731  beta-lactamase  27.69 
 
 		 640 aa  116  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1926  beta-lactamase  24.36 
 
 		 387 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.449475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56530  hypothetical protein  31.44 
 
 		 384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5334  beta-lactamase  31.63 
 
 		 467 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0928  beta-lactamase  32.09 
 
 		 359 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0017  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.14 
 
 		 468 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2368  beta-lactamase  27.99 
 
 		 530 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21424  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1128  beta-lactamase  27.67 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.170129  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37730  beta-lactamase class C protein  33.45 
 
 		 371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2259  beta-lactamase  29.23 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777809  normal  0.254507 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1949  beta-lactamase  29.49 
 
 		 486 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5447  beta-lactamase  30.61 
 
 		 473 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.341891 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5414  beta-lactamase  30.61 
 
 		 473 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4822  beta-lactamase  30.27 
 
 		 473 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3326  beta-lactamase  30.41 
 
 		 481 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0484154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0889  beta-lactamase  31.53 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4352  hydrolase, putative  29.75 
 
 		 368 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0204  Beta-lactamase  30.61 
 
 		 466 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  28.23 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  26.8 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6417  beta-lactamase  25.59 
 
 		 396 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131467  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4462  beta-lactamase  31.46 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210437  hitchhiker  0.0088578 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0255  beta-lactamase  28.2 
 
 		 503 aa  106  5e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03585  hypothetical protein  28.93 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.45249  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4213  beta-lactamase  29.55 
 
 		 504 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.780595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3687  beta-lactamase  30 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.057596  normal  0.380458 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  29.35 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1129  beta-lactamase  31 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.14 
 
 		 419 aa  102  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4047  Beta-lactamase  30.54 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4279  beta-lactamase  26.4 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02500  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  32.03 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3232  beta-lactamase  26.52 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0822  beta-lactamase  28.53 
 
 		 483 aa  100  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.242788 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0196  beta-lactamase  27.5 
 
 		 399 aa  99.8  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2872  beta-lactamase  29.41 
 
 		 475 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1749  Beta-lactamase  31.35 
 
 		 496 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3388  beta-lactamase  29.05 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.231514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1494  Beta-lactamase  27.07 
 
 		 505 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0788592  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  29.13 
 
 		 395 aa  97.1  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_003296  RS03702  hypothetical protein  41.48 
 
 		 139 aa  95.9  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.255314  normal  0.798242 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2612  beta-lactamase  27.78 
 
 		 472 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5369  beta-lactamase  30.03 
 
 		 432 aa  95.5  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.545883 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2343  beta-lactamase  22.68 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5881  beta-lactamase  26.37 
 
 		 475 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.23 
 
 		 449 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1495  putative hydrolase transmembrane protein  28.47 
 
 		 456 aa  94.4  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.713415  normal  0.585878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0319  putative beta-lactamase  27.5 
 
 		 455 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.833917  normal  0.501894 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  27.39 
 
 		 413 aa  94  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4964  beta-lactamase  29.17 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.663595  normal  0.0104106 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2177  beta-lactamase  29.75 
 
 		 417 aa  94  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0995  putative hydrolase transmembrane protein  28.29 
 
 		 491 aa  93.6  4e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.730938  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.14 
 
 		 425 aa  93.2  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>