243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0889 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0889  beta-lactamase  100 
 
 		 378 aa  757    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0928  beta-lactamase  97.77 
 
 		 359 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4462  beta-lactamase  88.6 
 
 		 362 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210437  hitchhiker  0.0088578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0992  beta-lactamase  79.11 
 
 		 360 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000425136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1289  Beta-lactamase  65.01 
 
 		 359 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1129  beta-lactamase  67.15 
 
 		 372 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4352  hydrolase, putative  61.06 
 
 		 368 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4047  Beta-lactamase  61.17 
 
 		 368 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4917  hypothetical protein  61.62 
 
 		 371 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.870689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56530  hypothetical protein  65.22 
 
 		 384 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37730  beta-lactamase class C protein  61.8 
 
 		 371 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5369  beta-lactamase  47.31 
 
 		 432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.545883 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2109  beta-lactamase  40.86 
 
 		 453 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.175028 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5334  beta-lactamase  39.56 
 
 		 467 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0204  Beta-lactamase  39.18 
 
 		 466 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4792  beta-lactamase  39.12 
 
 		 467 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3326  beta-lactamase  36.62 
 
 		 481 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0484154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5414  beta-lactamase  39.18 
 
 		 473 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5447  beta-lactamase  39.18 
 
 		 473 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.341891 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0652  beta-lactamase  36.51 
 
 		 383 aa  164  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0875652 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4822  beta-lactamase  38.87 
 
 		 473 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606365 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1495  putative hydrolase transmembrane protein  35.05 
 
 		 456 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.713415  normal  0.585878 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2024  beta-lactamase  35.67 
 
 		 468 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.770914  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2872  beta-lactamase  35.99 
 
 		 475 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1007  hypothetical protein  34.51 
 
 		 440 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2612  beta-lactamase  35.67 
 
 		 472 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1179  beta-lactamase  28.65 
 
 		 449 aa  150  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1041  hypothetical protein  34.15 
 
 		 440 aa  150  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2128  beta-lactamase  33.69 
 
 		 443 aa  149  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.165199  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0045  beta-lactamase  30.98 
 
 		 374 aa  146  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.975073  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0832  beta-lactamase  31.25 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.451427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2913  Hydrolatse transmembrane protein  36.18 
 
 		 459 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539084  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0995  putative hydrolase transmembrane protein  30.79 
 
 		 491 aa  142  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.730938  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2155  beta-lactamase  35.47 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.53937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3990  beta-lactamase  31.6 
 
 		 522 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0319  putative beta-lactamase  31.95 
 
 		 455 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.833917  normal  0.501894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6049  putative Beta-lactamase  32 
 
 		 524 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3570  beta-lactamase  36.05 
 
 		 479 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.230187  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0017  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.93 
 
 		 468 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5746  beta-lactamase  32.48 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0186796  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4078  beta-lactamase  29.97 
 
 		 380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119534  normal  0.98336 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3965  beta-lactamase  29.97 
 
 		 380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1013  beta-lactamase  27.65 
 
 		 598 aa  113  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.373365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1816  beta-lactamase  30.79 
 
 		 494 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.403938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3665  beta-lactamase  31.79 
 
 		 374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0974173 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0196  beta-lactamase  29.71 
 
 		 399 aa  109  8.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.39 
 
 		 415 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  29.01 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2638  beta-lactamase  26.06 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  25.95 
 
 		 395 aa  108  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2731  beta-lactamase  29.68 
 
 		 640 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2368  beta-lactamase  27.76 
 
 		 530 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21424  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2249  beta-lactamase  29.82 
 
 		 468 aa  107  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  29.01 
 
 		 401 aa  106  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6417  beta-lactamase  28.09 
 
 		 396 aa  103  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131467  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0282  beta-lactamase  26.67 
 
 		 363 aa  102  8e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2408  putative Beta-lactamase  30.84 
 
 		 366 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.967786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.01 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5729  beta-lactamase  30.31 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  28.52 
 
 		 397 aa  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  29.82 
 
 		 384 aa  100  3e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.55 
 
 		 425 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1634  beta-lactamase  26.65 
 
 		 416 aa  99.8  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.374388  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2784  hypothetical protein  24.11 
 
 		 305 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259253  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.39 
 
 		 419 aa  99.4  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.52 
 
 		 449 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03585  hypothetical protein  26.61 
 
 		 383 aa  98.6  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.45249  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2805  beta-lactamase  23.32 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1900  beta-lactamase  24.38 
 
 		 305 aa  97.8  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1749  Beta-lactamase  31.34 
 
 		 496 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0029  beta-lactamase  26.3 
 
 		 505 aa  97.1  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.667975  normal  0.0405415 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  32.76 
 
 		 396 aa  96.7  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73090  hypothetical protein  28.99 
 
 		 414 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.129935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  28.81 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  30.66 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2093  beta-lactamase  31.34 
 
 		 497 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  27.92 
 
 		 413 aa  94.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  28.77 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5602  beta-lactamase  29.68 
 
 		 475 aa  93.2  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1926  beta-lactamase  28.3 
 
 		 387 aa  93.2  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.449475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1669  beta-lactamase  28.48 
 
 		 410 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13265  hitchhiker  0.00573007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  28.67 
 
 		 404 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0822  beta-lactamase  33.33 
 
 		 483 aa  92.4  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.242788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6344  hypothetical protein  28.34 
 
 		 414 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2861  beta-lactamase  27.75 
 
 		 530 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0953  beta-lactamase  31.33 
 
 		 323 aa  90.1  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.062274  normal  0.647225 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0255  beta-lactamase  29.77 
 
 		 503 aa  90.1  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1482  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.25 
 
 		 467 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0769543  normal  0.0469616 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1949  beta-lactamase  29.02 
 
 		 486 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2564  hypothetical protein  22.97 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00591943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2750  hypothetical protein  22.97 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2758  hypothetical protein  22.61 
 
 		 305 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000446923 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1441  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.25 
 
 		 467 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793132  normal  0.012799 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2520  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  22.61 
 
 		 305 aa  87.8  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.155828  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0869  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.44 
 
 		 443 aa  87  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1411  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.39 
 
 		 452 aa  86.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  26.73 
 
 		 405 aa  86.7  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2529  beta-lactamase  23.24 
 
 		 305 aa  86.3  9e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060591 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0635  beta-lactamase  29.37 
 
 		 327 aa  86.3  9e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4279  beta-lactamase  25.86 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>