More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4424 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4424  Ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 315 aa  625  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6879  ornithine cyclodeaminase  57.88 
 
 		 311 aa  345  7e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0318034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4197  ornithine cyclodeaminase  58.6 
 
 		 314 aa  327  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5760  ornithine cyclodeaminase  54.69 
 
 		 314 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.342244  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3992  ornithine cyclodeaminase  53.85 
 
 		 323 aa  308  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2200  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  51.45 
 
 		 313 aa  271  9e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2503  ornithine cyclodeaminase  51.18 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.533208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  48.28 
 
 		 348 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2747  ornithine cyclodeaminase  45.75 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908103  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0068  ornithine cyclodeaminase  46.28 
 
 		 318 aa  241  9e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.783844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3506  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  46.43 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0204  ornithine cyclodeaminase  44.16 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.358948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2540  ornithine cyclodeaminase  41.1 
 
 		 314 aa  236  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.984456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4320  ornithine cyclodeaminase  45.95 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2024  ornithine cyclodeaminase  48.82 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  44.3 
 
 		 320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3503  ornithine cyclodeaminase  35.58 
 
 		 318 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.599895 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3726  ornithine cyclodeaminase  35.95 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2955  ornithine cyclodeaminase  38.66 
 
 		 314 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0527705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3170  ornithine cyclodeaminase  36.72 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64850  ornithine cyclodeaminase  42.95 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2610  ornithine cyclodeaminase  38.66 
 
 		 317 aa  202  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.329826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  37.3 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798228  normal  0.736679 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1455  ornithine cyclodeaminase  34.09 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3226  ornithine cyclodeaminase  41.97 
 
 		 341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1185  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  42.64 
 
 		 316 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  38.23 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003670  ornithine cyclodeaminase  33.44 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  38.24 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0854  ornithine cyclodeaminase  39.08 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  35.17 
 
 		 325 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1715  ornithine cyclodeaminase  40.2 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  32.78 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2513  ornithine cyclodeaminase  38.7 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3121  ornithine cyclodeaminase  38.31 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135549 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  35.56 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  34.44 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  32.28 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  33.66 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  39.27 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  33.79 
 
 		 325 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  33.79 
 
 		 325 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  33.79 
 
 		 325 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  39.78 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  34.88 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  34.13 
 
 		 325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  34.08 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  32.18 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  33.01 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  28.79 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2670  ornithine cyclodeaminase  36.86 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  30.74 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  33.72 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  30.42 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  30.77 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  35.17 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  29.25 
 
 		 326 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1923  Ornithine cyclodeaminase  35.24 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  34.11 
 
 		 328 aa  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  31.41 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  31.34 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  30.77 
 
 		 324 aa  125  6e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0365  Ornithine cyclodeaminase  34.36 
 
 		 328 aa  123  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.230413  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4418  Ornithine cyclodeaminase  30.22 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.405243  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4886  putative ornithine cyclodeaminase  30.98 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4368  ornithine cyclodeaminase  33.9 
 
 		 321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  32.7 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  33.6 
 
 		 338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1391  ornithine cyclodeaminase  32.35 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.24882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3942  Ornithine cyclodeaminase  34.51 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  29.49 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0275  ornithine cyclodeaminase  27.45 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.631235  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1919  ornithine cyclodeaminase  27.45 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000355793  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  29.61 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0054  ornithine cyclodeaminase  34.44 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  29.22 
 
 		 329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2173  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  31.21 
 
 		 346 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1706  ornithine cyclodeaminase  33.21 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0220079  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0976  ornithine cyclodeaminase  29.33 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25864  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2104  Ornithine cyclodeaminase  31.78 
 
 		 359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1041  ornithine cyclodeaminase  33.59 
 
 		 329 aa  112  9e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.726287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  37.16 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.534041  normal  0.268997 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5996  ornithine cyclodeaminase  33.23 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6207  ornithine cyclodeaminase  33.89 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0208  ornithine cyclodeaminase  31.85 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118382  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1976  Ornithine cyclodeaminase  35.02 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  38.85 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0890  ornithine cyclodeaminase  30.5 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6144  ectoine utilization protein EutC  39.44 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3694  ectoine utilization protein EutC  36.25 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5241  ectoine utilization protein EutC  34.8 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.326235 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  29.13 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3483  ornithine cyclodeaminase  34.26 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal  0.0519836 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2927  ornithine cyclodeaminase  34.75 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2251  Ornithine cyclodeaminase  30.95 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1891  ornithine cyclodeaminase  31.97 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.529227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5302  ornithine cyclodeaminase  34.12 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.599287  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>