279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1891 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1891  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 
354 aa  724    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.529227  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1731  ornithine cyclodeaminase  85.88 
 
 
354 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.734503  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00361  ornithine cyclodeaminase  65.27 
 
 
349 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.336374  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2946  ornithine cyclodeaminase  68.06 
 
 
358 aa  461  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.914602 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3492  ornithine cyclodeaminase  67.86 
 
 
359 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0249147 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2542  ornithine cyclodeaminase  67.56 
 
 
359 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0279  ornithine cyclodeaminase  64.47 
 
 
349 aa  441  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.815207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3533  ornithine cyclodeaminase  62.94 
 
 
350 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2392  ornithine cyclodeaminase  63.24 
 
 
350 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.820594 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3883  ornithine cyclodeaminase  64.69 
 
 
369 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3943  ornithine cyclodeaminase  67.26 
 
 
359 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170897  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5311  ornithine cyclodeaminase  67.26 
 
 
359 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3577  ornithine cyclodeaminase  67.26 
 
 
359 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427318  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3771  ornithine cyclodeaminase  63.24 
 
 
365 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4693  ornithine cyclodeaminase  66.27 
 
 
349 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0961162  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2240  ornithine cyclodeaminase  62.65 
 
 
350 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0586  ornithine cyclodeaminase  64.37 
 
 
362 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.766094  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0121  ornithine cyclodeaminase  62.87 
 
 
382 aa  414  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0592  ornithine cyclodeaminase  65.41 
 
 
350 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0586  ornithine cyclodeaminase  61.31 
 
 
366 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2926  ornithine cyclodeaminase  63.47 
 
 
343 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0899  ornithine cyclodeaminase  56.76 
 
 
358 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.212548  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5979  ornithine cyclodeaminase  57.96 
 
 
351 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2671  ornithine cyclodeaminase  58.17 
 
 
359 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4602  ornithine cyclodeaminase  61.58 
 
 
365 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0842  ornithine cyclodeaminase  56.16 
 
 
358 aa  397  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0682  ornithine cyclodeaminase  58.88 
 
 
357 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4637  ornithine cyclodeaminase  57.78 
 
 
348 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0589367  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1471  ornithine cyclodeaminase  55.86 
 
 
358 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32391  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2802  ornithine cyclodeaminase  62.87 
 
 
343 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.937612  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3962  ornithine cyclodeaminase  57.36 
 
 
350 aa  393  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1052  ornithine cyclodeaminase  55.86 
 
 
346 aa  388  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.789796  normal  0.061777 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0613  ornithine cyclodeaminase  68.27 
 
 
328 aa  390  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2310  ornithine cyclodeaminase  54.33 
 
 
357 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1826  ornithine cyclodeaminase  57.66 
 
 
348 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0818246  normal  0.659466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4333  ornithine cyclodeaminase  63.16 
 
 
352 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1216  ornithine cyclodeaminase  56.93 
 
 
350 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3030  ornithine cyclodeaminase  62.77 
 
 
334 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.434014 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1163  ornithine cyclodeaminase  52.52 
 
 
348 aa  371  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.833995  decreased coverage  0.00431249 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2754  ornithine cyclodeaminase  52.98 
 
 
339 aa  362  7.0000000000000005e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1795  ornithine cyclodeaminase  50.15 
 
 
366 aa  357  9.999999999999999e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.419928  normal  0.0318754 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3303  Ornithine cyclodeaminase  49.71 
 
 
353 aa  331  1e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06630  ornithine cyclodeaminase  48.81 
 
 
340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.859061  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1919  ornithine cyclodeaminase  44.64 
 
 
336 aa  297  2e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000355793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0275  ornithine cyclodeaminase  44.64 
 
 
336 aa  297  2e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.631235  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0208  ornithine cyclodeaminase  41.19 
 
 
345 aa  265  8e-70  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118382  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  33.7 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  32.82 
 
 
326 aa  147  3e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  33.73 
 
 
324 aa  146  6e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  33.21 
 
 
319 aa  143  4e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  30.32 
 
 
326 aa  133  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  33.1 
 
 
329 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  36.93 
 
 
311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  31.18 
 
 
338 aa  127  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  35.16 
 
 
302 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  33.7 
 
 
320 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1146  Ornithine cyclodeaminase  34.26 
 
 
319 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  32.93 
 
 
313 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4418  Ornithine cyclodeaminase  30.49 
 
 
331 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.405243  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  30.77 
 
 
325 aa  116  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  30.08 
 
 
329 aa  116  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  30.11 
 
 
338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  29.39 
 
 
340 aa  115  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  31.37 
 
 
324 aa  112  9e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  29.77 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2675  ornithine cyclodeaminase  32.05 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.648145  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  30.77 
 
 
331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  30.34 
 
 
325 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  31.44 
 
 
325 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  30 
 
 
325 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4368  ornithine cyclodeaminase  32.81 
 
 
321 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  29.77 
 
 
325 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  29.5 
 
 
325 aa  109  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  35.92 
 
 
320 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2104  Ornithine cyclodeaminase  30.04 
 
 
359 aa  109  8.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  29.77 
 
 
325 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  29.77 
 
 
325 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4377  ectoine utilization protein EutC  32.06 
 
 
330 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4824  putative ornithine cyclodeaminase  30.94 
 
 
326 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411643  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  30.3 
 
 
325 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2555  ornithine cyclodeaminase  31.54 
 
 
323 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.660441 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5302  ornithine cyclodeaminase  30.77 
 
 
323 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.599287  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3568  ornithine cyclodeaminase  30.04 
 
 
323 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226645  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  29.17 
 
 
329 aa  106  5e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  30.04 
 
 
327 aa  106  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  30.8 
 
 
326 aa  106  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3311  ornithine cyclodeaminase  31.23 
 
 
321 aa  106  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3483  ornithine cyclodeaminase  30.65 
 
 
323 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal  0.0519836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3952  ornithine cyclodeaminase  30.04 
 
 
323 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280902 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0589  ornithine cyclodeaminase  28.66 
 
 
337 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0978  Ornithine cyclodeaminase  31.09 
 
 
330 aa  103  5e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.311273 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  30.94 
 
 
328 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2526  ornithine cyclodeaminase  30 
 
 
315 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0910957  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  31.43 
 
 
318 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  31.44 
 
 
328 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64850  ornithine cyclodeaminase  35.11 
 
 
297 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404548  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3190  ornithine cyclodeaminase  29.6 
 
 
315 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0151  ornithine cyclodeaminase  31.75 
 
 
327 aa  99.8  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  32.94 
 
 
319 aa  99.4  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>