298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2251 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2251  Ornithine cyclodeaminase  100 
 
 
313 aa  631  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2557  Ornithine cyclodeaminase  90.97 
 
 
314 aa  554  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.852397  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1539  ornithine cyclodeaminase  63.07 
 
 
312 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00484883  normal  0.0982373 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1610  ornithine cyclodeaminase  47.68 
 
 
313 aa  285  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2564  Ornithine cyclodeaminase  54.05 
 
 
312 aa  264  1e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0450011  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1146  Ornithine cyclodeaminase  42.68 
 
 
319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0976  ornithine cyclodeaminase  36.54 
 
 
323 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25864  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4368  ornithine cyclodeaminase  36.42 
 
 
321 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0151  ornithine cyclodeaminase  35.76 
 
 
327 aa  175  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301393 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  33.11 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1391  ornithine cyclodeaminase  32.78 
 
 
333 aa  169  5e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.24882  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4824  putative ornithine cyclodeaminase  35.45 
 
 
326 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411643  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0890  ornithine cyclodeaminase  32.67 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4886  putative ornithine cyclodeaminase  31.77 
 
 
345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3126  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  35.62 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5302  ornithine cyclodeaminase  36.75 
 
 
323 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.599287  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3483  ornithine cyclodeaminase  36.43 
 
 
323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal  0.0519836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2555  ornithine cyclodeaminase  36.43 
 
 
323 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.660441 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6207  ornithine cyclodeaminase  35 
 
 
321 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3311  ornithine cyclodeaminase  35.29 
 
 
321 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3918  ornithine cyclodeaminase  31.85 
 
 
320 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.438934  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2702  ornithine cyclodeaminase  34.62 
 
 
321 aa  153  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.430916 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3568  ornithine cyclodeaminase  34.71 
 
 
323 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226645  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3952  ornithine cyclodeaminase  34.98 
 
 
323 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280902 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  34.98 
 
 
326 aa  147  3e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2605  ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 
321 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00162792  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  34.3 
 
 
326 aa  142  7e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2675  ornithine cyclodeaminase  31.29 
 
 
316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.648145  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  36.69 
 
 
313 aa  138  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3694  ectoine utilization protein EutC  38.17 
 
 
329 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  36.73 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  31.63 
 
 
324 aa  136  4e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000639  ornithine cyclodeaminase  35.39 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  32.67 
 
 
340 aa  135  9.999999999999999e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2526  ornithine cyclodeaminase  31.96 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0910957  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2150  ectoine utilization protein EutC  38.8 
 
 
327 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553131  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3190  ornithine cyclodeaminase  32.18 
 
 
315 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5241  ectoine utilization protein EutC  33.98 
 
 
330 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.326235 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5520  ectoine utilization protein EutC  33.77 
 
 
330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.135398  hitchhiker  0.0025889 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  33.11 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  36.29 
 
 
319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  31.5 
 
 
329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3468  ectoine utilization protein EutC  36.54 
 
 
338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0286  ectoine utilization protein EutC  39.09 
 
 
325 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.857001  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4418  Ornithine cyclodeaminase  32.69 
 
 
331 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.405243  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4377  ectoine utilization protein EutC  36.47 
 
 
330 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  31.37 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2097  ornithine cyclodeaminase  31.37 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00174569  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  34.34 
 
 
328 aa  125  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  36.55 
 
 
348 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0121  ornithine cyclodeaminase  34.3 
 
 
382 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0057  ectoine utilization protein EutC  34.42 
 
 
333 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.181166  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3176  ectoine utilization protein EutC  36.71 
 
 
327 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5804  ectoine utilization protein EutC  41.02 
 
 
334 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6168  ectoine utilization protein EutC  41.02 
 
 
334 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196322  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  34.11 
 
 
326 aa  122  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6649  ectoine utilization protein EutC  41.91 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6144  ectoine utilization protein EutC  40.25 
 
 
334 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0765  putative ornithine cyclodeaminase  29.5 
 
 
319 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000110452  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3771  ornithine cyclodeaminase  31.43 
 
 
365 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  30.86 
 
 
338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4602  ornithine cyclodeaminase  30.86 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  32.42 
 
 
324 aa  120  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2540  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 
314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.984456  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1976  Ornithine cyclodeaminase  35.4 
 
 
350 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100827  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4147  ornithine cyclodeaminase  30.8 
 
 
317 aa  119  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0007  ornithine cyclodeaminase  30.8 
 
 
317 aa  119  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.337644  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06630  ornithine cyclodeaminase  31.6 
 
 
340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.859061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 
326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1163  ornithine cyclodeaminase  30.92 
 
 
348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.833995  decreased coverage  0.00431249 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3863  ectoine utilization protein EutC  36.63 
 
 
333 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3170  ornithine cyclodeaminase  29.24 
 
 
315 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5775  ectoine utilization protein EutC  41.08 
 
 
334 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0743164  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6019  ectoine utilization protein EutC  41.08 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3577  ornithine cyclodeaminase  32.18 
 
 
359 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427318  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1471  ornithine cyclodeaminase  30.56 
 
 
358 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32391  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  31.25 
 
 
329 aa  112  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  28.53 
 
 
316 aa  112  9e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2542  ornithine cyclodeaminase  31.42 
 
 
359 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  29.66 
 
 
327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3303  Ornithine cyclodeaminase  30 
 
 
353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0322  Ornithine cyclodeaminase  33.2 
 
 
317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3503  ornithine cyclodeaminase  32.72 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.599895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3883  ornithine cyclodeaminase  32.19 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4637  ornithine cyclodeaminase  33.47 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0589367  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2754  ornithine cyclodeaminase  29.61 
 
 
339 aa  110  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3492  ornithine cyclodeaminase  31.03 
 
 
359 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0249147 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  32.17 
 
 
328 aa  110  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4431  ectoine utilization protein EutC  35.54 
 
 
330 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000737861 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0899  ornithine cyclodeaminase  30.93 
 
 
358 aa  109  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.212548  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04330  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  29.03 
 
 
328 aa  109  7.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.861698 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3943  ornithine cyclodeaminase  31.42 
 
 
359 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170897  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2955  ornithine cyclodeaminase  29.07 
 
 
314 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0527705  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  28.96 
 
 
324 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  31.49 
 
 
320 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2503  ornithine cyclodeaminase  33.46 
 
 
315 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.533208  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1455  ornithine cyclodeaminase  28.15 
 
 
316 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0586  ornithine cyclodeaminase  32 
 
 
362 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.766094  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5979  ornithine cyclodeaminase  32.91 
 
 
351 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  29.21 
 
 
325 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>