More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0068 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0068  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 318 aa  640    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.783844  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4320  ornithine cyclodeaminase  66.98 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0204  ornithine cyclodeaminase  52.3 
 
 		 316 aa  306  2.0000000000000002e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.358948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2747  ornithine cyclodeaminase  51.1 
 
 		 319 aa  305  6e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908103  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3992  ornithine cyclodeaminase  49.52 
 
 		 323 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  52.35 
 
 		 320 aa  293  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  49.84 
 
 		 348 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2024  ornithine cyclodeaminase  52.48 
 
 		 332 aa  269  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2200  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  50.64 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3506  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  46.23 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4424  Ornithine cyclodeaminase  46.28 
 
 		 315 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2503  ornithine cyclodeaminase  46.13 
 
 		 315 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.533208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5760  ornithine cyclodeaminase  45.83 
 
 		 314 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.342244  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2540  ornithine cyclodeaminase  42.49 
 
 		 314 aa  245  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.984456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4197  ornithine cyclodeaminase  42.58 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3170  ornithine cyclodeaminase  41.53 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6879  ornithine cyclodeaminase  43.85 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0318034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64850  ornithine cyclodeaminase  47.35 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3726  ornithine cyclodeaminase  39.24 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2955  ornithine cyclodeaminase  40.89 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0527705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3503  ornithine cyclodeaminase  37.97 
 
 		 318 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.599895 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  40.46 
 
 		 312 aa  208  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798228  normal  0.736679 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003670  ornithine cyclodeaminase  41.53 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2610  ornithine cyclodeaminase  38.68 
 
 		 317 aa  202  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.329826  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1455  ornithine cyclodeaminase  36.77 
 
 		 316 aa  192  9e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3226  ornithine cyclodeaminase  40.2 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2513  ornithine cyclodeaminase  41.76 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0854  ornithine cyclodeaminase  41.38 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1185  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  37.84 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3121  ornithine cyclodeaminase  41.38 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135549 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  37.07 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  36.84 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  38.68 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1715  ornithine cyclodeaminase  41.56 
 
 		 312 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  34.01 
 
 		 324 aa  169  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5996  ornithine cyclodeaminase  44.12 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  38.58 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2670  ornithine cyclodeaminase  37.74 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  36.11 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  34.38 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  31.37 
 
 		 323 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0054  ornithine cyclodeaminase  36.57 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  33.23 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  36.51 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  31.06 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  36.39 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  34.07 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  32.81 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  32.81 
 
 		 325 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  33.02 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  33.12 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  33.02 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  31.03 
 
 		 326 aa  152  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  33.12 
 
 		 325 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  33.02 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  32.3 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  32.28 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0429  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  35.99 
 
 		 298 aa  146  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.702533 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  34.48 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  35.15 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  35.8 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  34.6 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2097  ornithine cyclodeaminase  33.54 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00174569  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  39.06 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0365  Ornithine cyclodeaminase  35.16 
 
 		 328 aa  135  9e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.230413  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  30.75 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0899  ornithine cyclodeaminase  31.68 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  32.59 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  30.92 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1391  ornithine cyclodeaminase  30.46 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.24882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  29.97 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4886  putative ornithine cyclodeaminase  31.21 
 
 		 345 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1519  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  33.22 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1923  Ornithine cyclodeaminase  32.27 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2173  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.48 
 
 		 346 aa  126  5e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0976  ornithine cyclodeaminase  29.8 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25864  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3942  Ornithine cyclodeaminase  31.21 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  30.3 
 
 		 324 aa  123  3e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  32.38 
 
 		 338 aa  122  6e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2675  ornithine cyclodeaminase  35.56 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.648145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  31.73 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4377  ectoine utilization protein EutC  33.83 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1041  ornithine cyclodeaminase  35.64 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.726287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3694  ectoine utilization protein EutC  37.69 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3190  ornithine cyclodeaminase  35.98 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2526  ornithine cyclodeaminase  35.98 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0910957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5241  ectoine utilization protein EutC  35.8 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.326235 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2927  ornithine cyclodeaminase  34.88 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1566  ornithine cyclodeaminase  30.92 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5520  ectoine utilization protein EutC  32.91 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.135398  hitchhiker  0.0025889 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0765  putative ornithine cyclodeaminase  33.19 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000110452  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1163  ornithine cyclodeaminase  34.47 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0208  ornithine cyclodeaminase  32.82 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118382  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04330  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  37.88 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.861698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  30.63 
 
 		 320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1799  ornithine cyclodeaminase  36.82 
 
 		 298 aa  116  6e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  31.56 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3468  ectoine utilization protein EutC  33.84 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0841  Ornithine cyclodeaminase  31.65 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>