265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3190 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3190  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 315 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2526  ornithine cyclodeaminase  96.51 
 
 		 315 aa  621  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0910957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2675  ornithine cyclodeaminase  76.68 
 
 		 316 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.648145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4147  ornithine cyclodeaminase  52.9 
 
 		 317 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0007  ornithine cyclodeaminase  52.9 
 
 		 317 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.337644  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3799  ornithine cyclodeaminase  53.51 
 
 		 247 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  40.86 
 
 		 319 aa  222  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3468  ectoine utilization protein EutC  39.42 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5241  ectoine utilization protein EutC  41.58 
 
 		 330 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.326235 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5520  ectoine utilization protein EutC  38.06 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.135398  hitchhiker  0.0025889 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000639  ornithine cyclodeaminase  35.94 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3694  ectoine utilization protein EutC  39.05 
 
 		 329 aa  207  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6144  ectoine utilization protein EutC  41.69 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1976  Ornithine cyclodeaminase  38.8 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0286  ectoine utilization protein EutC  42.28 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.857001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4377  ectoine utilization protein EutC  38.72 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  36.03 
 
 		 329 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3863  ectoine utilization protein EutC  38.97 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  37.54 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  37.11 
 
 		 326 aa  176  5e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4431  ectoine utilization protein EutC  37.79 
 
 		 330 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000737861 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3176  ectoine utilization protein EutC  39.16 
 
 		 327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6649  ectoine utilization protein EutC  41.75 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6019  ectoine utilization protein EutC  41.2 
 
 		 334 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  36.84 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4418  Ornithine cyclodeaminase  33.45 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.405243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5804  ectoine utilization protein EutC  41.2 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6168  ectoine utilization protein EutC  41.2 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5775  ectoine utilization protein EutC  41.2 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0743164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2150  ectoine utilization protein EutC  38.93 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_54222  ornithine cyclodeaminase  37.46 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0057  ectoine utilization protein EutC  38.91 
 
 		 333 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.181166  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  35.86 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  35.05 
 
 		 311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35643  predicted protein  32.92 
 
 		 337 aa  153  2.9999999999999998e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.7036  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1146  Ornithine cyclodeaminase  36.91 
 
 		 319 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0976  ornithine cyclodeaminase  33.99 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25864  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  33.33 
 
 		 340 aa  143  3e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  33.12 
 
 		 329 aa  142  5e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  32.59 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  35.12 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  32.18 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3918  ornithine cyclodeaminase  33.01 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.438934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1391  ornithine cyclodeaminase  32.27 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.24882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2702  ornithine cyclodeaminase  36.58 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.430916 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  31.74 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2557  Ornithine cyclodeaminase  33.75 
 
 		 314 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.852397  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4886  putative ornithine cyclodeaminase  31.27 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  31.31 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3311  ornithine cyclodeaminase  36.02 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  29.17 
 
 		 327 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  26.86 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3303  Ornithine cyclodeaminase  35.95 
 
 		 353 aa  123  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0890  ornithine cyclodeaminase  28.57 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  26.54 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  33.33 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0208  ornithine cyclodeaminase  29.87 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118382  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  29.96 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6207  ornithine cyclodeaminase  30.96 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4368  ornithine cyclodeaminase  30.59 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2251  Ornithine cyclodeaminase  32.18 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  30.32 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2097  ornithine cyclodeaminase  34.56 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00174569  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  30.36 
 
 		 338 aa  119  6e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  29.96 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  29.33 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  29.6 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0978  Ornithine cyclodeaminase  31.25 
 
 		 330 aa  115  7.999999999999999e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.311273 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  28.27 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  28.39 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0765  putative ornithine cyclodeaminase  30 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000110452  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2605  ornithine cyclodeaminase  30.55 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00162792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04330  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  33.61 
 
 		 328 aa  113  3e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.861698 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  29.97 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  31.7 
 
 		 338 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  28.88 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  30.38 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1610  ornithine cyclodeaminase  30.03 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  34.18 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06630  ornithine cyclodeaminase  33.2 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.859061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  27.92 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  31.27 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0721  Ornithine cyclodeaminase  28.83 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4824  putative ornithine cyclodeaminase  30.23 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411643  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0439  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.07 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.25136 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1539  ornithine cyclodeaminase  32.49 
 
 		 312 aa  103  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00484883  normal  0.0982373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3126  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.62 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0151  ornithine cyclodeaminase  30.55 
 
 		 327 aa  102  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3361  ornithine cyclodeaminase  31.9 
 
 		 317 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1919  ornithine cyclodeaminase  27.24 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000355793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0275  ornithine cyclodeaminase  27.24 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.631235  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2104  Ornithine cyclodeaminase  28.66 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  26.1 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  32.5 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1891  ornithine cyclodeaminase  29.6 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.529227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3952  ornithine cyclodeaminase  30.16 
 
 		 323 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280902 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  31.47 
 
 		 320 aa  99  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1052  ornithine cyclodeaminase  28.91 
 
 		 346 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.789796  normal  0.061777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>