More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0272 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0272  inner-membrane translocator  100 
 
 		 307 aa  586  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0767  inner-membrane translocator  81.25 
 
 		 305 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0432903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0838  inner-membrane translocator  77.52 
 
 		 307 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  63.95 
 
 		 310 aa  376  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4622  ABC transporter permease  63.95 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0459008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2022  inner-membrane translocator  66.32 
 
 		 306 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1703  inner-membrane translocator  65.64 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.209292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1115  inner-membrane translocator  65.98 
 
 		 306 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250731  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1358  ABC transporter, permease protein  64.63 
 
 		 306 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6455  inner-membrane translocator  59.18 
 
 		 308 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0310554 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  58.84 
 
 		 308 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1167  inner-membrane translocator  64.95 
 
 		 306 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.54838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3024  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5656  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  59.52 
 
 		 308 aa  309  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423786  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5241  inner-membrane translocator  63 
 
 		 308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1370  ABC transporter, inner membrane subunit  62.67 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.164625  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.24 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  41.08 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  43.26 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  37.24 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  41.24 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.49 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  36.91 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  39.34 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  34.95 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  40.59 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  37.37 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  37.17 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  37.17 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  42.34 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  37.16 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  39.31 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  37.67 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  38.38 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  37.67 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  40 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  39.11 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  39.11 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4144  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1593  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.42882 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  32.32 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  33 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>