More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_1449 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
222 aa  447  1e-125  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  94.59 
 
 
222 aa  408  1e-113  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.69 
 
 
225 aa  181  9.000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.15 
 
 
226 aa  165  5e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.19 
 
 
249 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0103  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.43 
 
 
232 aa  103  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0642611  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.58 
 
 
249 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.45 
 
 
248 aa  93.6  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  31.86 
 
 
235 aa  90.9  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.64 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
255 aa  89.7  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
256 aa  89.4  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  28.75 
 
 
249 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.95 
 
 
244 aa  88.6  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
254 aa  88.2  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.88 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.19 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  29.15 
 
 
239 aa  87  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
255 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  29.24 
 
 
243 aa  86.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
245 aa  86.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
258 aa  86.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
255 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  30.59 
 
 
245 aa  85.1  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  84.7  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
255 aa  84.7  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
230 aa  85.1  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.59 
 
 
238 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 
252 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  33.64 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  28.7 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.63 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  31.49 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  27.12 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2136  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0581453 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  29.27 
 
 
244 aa  82.8  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.98 
 
 
246 aa  82  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.58 
 
 
251 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27 
 
 
254 aa  82  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 
234 aa  81.6  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
244 aa  81.6  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.17 
 
 
251 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  30.23 
 
 
236 aa  81.3  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.63 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
249 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.78 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.23 
 
 
249 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
247 aa  78.2  0.00000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  30.67 
 
 
251 aa  78.2  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  28.09 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.88 
 
 
243 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  28.57 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.19 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  28.83 
 
 
234 aa  77  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.18 
 
 
239 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.65 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 
251 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.51 
 
 
235 aa  76.6  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.51 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  29.09 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  28.9 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.12 
 
 
253 aa  76.3  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  28.83 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.51 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.51 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
251 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1572  hypothetical protein  32.21 
 
 
227 aa  75.9  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000828981  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
243 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  27.97 
 
 
250 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.4 
 
 
245 aa  75.1  0.0000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  27.97 
 
 
250 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
246 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  28.57 
 
 
245 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.37 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.46 
 
 
247 aa  73.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  27.54 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  27.07 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  26.53 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.59 
 
 
257 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  29.58 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
241 aa  73.2  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
245 aa  73.6  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
245 aa  73.2  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>