175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1071 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1071  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  100 
 
 		 145 aa  297  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2164  hypothetical protein  62.5 
 
 		 146 aa  167  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1645  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  59.12 
 
 		 144 aa  158  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2888  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  55.4 
 
 		 141 aa  157  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0230434  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1088  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  56.25 
 
 		 146 aa  154  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242256  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2478  hypothetical protein  54.86 
 
 		 146 aa  148  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.507905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1143  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  54.86 
 
 		 146 aa  147  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0669271  normal  0.758995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2600  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  51.39 
 
 		 150 aa  142  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0599  NLP/P60 family protein  48.23 
 
 		 144 aa  142  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0600  NLP/P60 family protein  47.52 
 
 		 144 aa  141  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0781347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2011  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  52.94 
 
 		 150 aa  140  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6573  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  52.94 
 
 		 150 aa  140  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7313  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  52.94 
 
 		 150 aa  140  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.234641  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1180  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  50.68 
 
 		 148 aa  140  8e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0271  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  50.36 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1823  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  51.13 
 
 		 147 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.199401  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0932  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  54.07 
 
 		 171 aa  136  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.252118 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3713  hypothetical protein  49.63 
 
 		 148 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4979  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  46.98 
 
 		 194 aa  133  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003439 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1419  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.06 
 
 		 154 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0819714  normal  0.118637 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3902  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  52.14 
 
 		 192 aa  129  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.625639  normal  0.114917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3170  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  50.77 
 
 		 146 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.402243  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0794  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  46.38 
 
 		 153 aa  127  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3459  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  50.34 
 
 		 147 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0918  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  49.28 
 
 		 147 aa  127  7.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1693  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  47.86 
 
 		 154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235962  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1425  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  53.54 
 
 		 148 aa  125  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.987812  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1352  hypothetical protein  57.28 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4295  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  50.7 
 
 		 150 aa  123  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1992  putative phage cell wall peptidase, NlpC/P60  49.65 
 
 		 147 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.129722  normal  0.402 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5974  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  47.92 
 
 		 160 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.858735  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1415  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  47.52 
 
 		 152 aa  114  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.671404  normal  0.0714163 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2116  phage cell wall peptidase, NlpC/P60 family  49.66 
 
 		 150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0732006  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7157  NlpC/P60 family phage cell wall peptidase  36.57 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.138064 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2466  NLP/P60 protein  30.77 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.291366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  30.77 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  29.91 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1646  NLP/P60 protein  37.59 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4081  NLP/P60 protein  37.59 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0487119  normal  0.0206777 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  30.53 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2100  NLP/P60 protein  28.33 
 
 		 302 aa  57.8  0.00000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.660776  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3057  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  34.71 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2725  putative phage associated protein  31.93 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000399929  normal  0.0320928 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  28.33 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  28.57 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  28.57 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  28.57 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  28.57 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  28.57 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  28.57 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  28.57 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  28.57 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.468553 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  27.35 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1454  putative lipoprotein nlpC  27.35 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  27.35 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0813186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1471  hypothetical protein  27.35 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 		 189 aa  53.9  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1912  lipoprotein, NlpC/P60 family  30 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  27.35 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2022  NLP/P60 protein  31.85 
 
 		 242 aa  53.5  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.321386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000518421 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  28.15 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210623 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  27.5 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  28.15 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000243067  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  27.5 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3244  putative outer membrane lipoprotein  27.41 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  27.5 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1657  NLP/P60 protein  29.91 
 
 		 154 aa  51.6  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.983654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2707  putative outer membrane lipoprotein  27.41 
 
 		 194 aa  51.2  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1501  putative outer membrane lipoprotein  27.41 
 
 		 172 aa  51.6  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2784  putative outer membrane lipoprotein  27.41 
 
 		 194 aa  51.2  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1884  NLP/P60 protein  31.67 
 
 		 174 aa  51.2  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.715704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1917  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 193 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1646  putative outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 		 194 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2178  NLP/P60 protein  27.27 
 
 		 193 aa  50.4  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2830  NLP/P60 protein  32.33 
 
 		 220 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.704353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  25.19 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  24.81 
 
 		 232 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0057  lipoprotein  28.15 
 
 		 174 aa  48.9  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438446  hitchhiker  0.00939156 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0670  NLP/P60 protein  30.95 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.160252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48790  putative lipoprotein  29.91 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.006644  hitchhiker  0.0000000144437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2091  NLP/P60 protein  29.55 
 
 		 192 aa  48.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.315099  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4179  putative lipoprotein  29.91 
 
 		 197 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000450162  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  30.58 
 
 		 177 aa  47.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1664  NLP/P60 protein  29.55 
 
 		 192 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  31.62 
 
 		 373 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3683  NLP/P60  31.62 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  25.4 
 
 		 156 aa  47.4  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1268  NLP/P60 protein  30.58 
 
 		 177 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200264 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>