85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4449 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  100 
 
 		 447 aa  912    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  57.87 
 
 		 429 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  57.04 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  54.02 
 
 		 446 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  52.53 
 
 		 446 aa  428  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  53.94 
 
 		 410 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  51.07 
 
 		 431 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  51.09 
 
 		 431 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  52.76 
 
 		 424 aa  421  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  51.17 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  50.73 
 
 		 424 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  51.09 
 
 		 429 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  50.73 
 
 		 429 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  47.24 
 
 		 452 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  40.6 
 
 		 483 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  37.05 
 
 		 441 aa  300  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 		 428 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  40.53 
 
 		 428 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  39.1 
 
 		 437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  38.33 
 
 		 457 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.17 
 
 		 467 aa  280  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  39.59 
 
 		 439 aa  276  5e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  36.95 
 
 		 442 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  39.25 
 
 		 439 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  37.44 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  39.19 
 
 		 445 aa  253  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  34.95 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  35.55 
 
 		 443 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.25 
 
 		 464 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.25 
 
 		 464 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  32.87 
 
 		 462 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  35.01 
 
 		 452 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  34.17 
 
 		 462 aa  229  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  33.81 
 
 		 451 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  33.02 
 
 		 423 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  33.02 
 
 		 423 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33 
 
 		 400 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.76 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.76 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  32.84 
 
 		 400 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.51 
 
 		 416 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  33.16 
 
 		 432 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  30.71 
 
 		 431 aa  200  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  30.71 
 
 		 431 aa  200  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  30.37 
 
 		 423 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  29.69 
 
 		 425 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  30.64 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  32.19 
 
 		 400 aa  186  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  31.04 
 
 		 428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  30.98 
 
 		 503 aa  176  6e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  27.96 
 
 		 501 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.49 
 
 		 467 aa  124  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  28.11 
 
 		 422 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  29.2 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.58 
 
 		 458 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.71 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  25.32 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  25.52 
 
 		 417 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.75 
 
 		 425 aa  100  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.39 
 
 		 459 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  27.37 
 
 		 452 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.82 
 
 		 425 aa  93.2  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  27.48 
 
 		 418 aa  92.8  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.07 
 
 		 410 aa  89  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  25.31 
 
 		 406 aa  89  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  25 
 
 		 711 aa  86.3  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  24.18 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  23.91 
 
 		 633 aa  81.3  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  24.52 
 
 		 638 aa  78.6  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  25.12 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  23.84 
 
 		 648 aa  62.8  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  26.55 
 
 		 1200 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.76 
 
 		 510 aa  59.3  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  27.54 
 
 		 707 aa  58.2  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  22.48 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  22.41 
 
 		 651 aa  52  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  23.26 
 
 		 352 aa  51.2  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  22.41 
 
 		 570 aa  49.3  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0750  protein kinase  31.58 
 
 		 671 aa  48.1  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0831444  normal  0.845491 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0434  Serine/threonine protein kinase  28.33 
 
 		 674 aa  46.6  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000341904  normal  0.409693 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1527  surface layer protein B  24.73 
 
 		 297 aa  46.2  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2513  hypothetical protein  26.26 
 
 		 360 aa  46.6  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.3868  normal  0.373892 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  21.46 
 
 		 672 aa  45.4  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  23.79 
 
 		 1025 aa  45.1  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  26.2 
 
 		 505 aa  43.9  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>