More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4347 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  27.34 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.91 
 
 		 304 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 330 aa  93.2  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 316 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.98 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 339 aa  86.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  24.47 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  29.44 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.56 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.67 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.32 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.51 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.32 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.32 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25.32 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.32 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 329 aa  79  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 279 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  25.79 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4458  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 328 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00884299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 340 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  25 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 333 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 354 aa  73.6  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  26.33 
 
 		 791 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  25.42 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.57 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 344 aa  72.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 791 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  26.86 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  29.73 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  29.73 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  29.73 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.92 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 351 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  23.95 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.51 
 
 		 791 aa  69.3  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 354 aa  69.3  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  35 
 
 		 1342 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  29.44 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 391 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 331 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 368 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>