233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2533 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  36.18 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.74 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.89 
 
 		 287 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.11 
 
 		 285 aa  159  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.92 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  38.84 
 
 		 295 aa  158  7e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.66 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.74 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  32.02 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.82 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 293 aa  137  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  30.43 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  34.92 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  39.76 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  44.7 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.93 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.45 
 
 		 258 aa  95.9  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  44.85 
 
 		 262 aa  95.9  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  45.11 
 
 		 268 aa  88.6  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  42.86 
 
 		 259 aa  88.6  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  35.82 
 
 		 261 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.29 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.31 
 
 		 264 aa  86.3  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  39.85 
 
 		 267 aa  85.5  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.72 
 
 		 264 aa  85.5  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  36.74 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  29.49 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  40.34 
 
 		 264 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  34.76 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  34.96 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5011  Hydroxypyruvate isomerase  33.15 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.3021 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  34.47 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  32.77 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  39.23 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  36.09 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  40.77 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5307  Hydroxypyruvate isomerase  30.73 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.314618  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  38.98 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  32.18 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  39.52 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  39.68 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  37.5 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  30.91 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  39.52 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  38.6 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.73 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.69 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  35.09 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  31.46 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  38.89 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  36.92 
 
 		 259 aa  78.2  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  31.03 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  29.67 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  39.68 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  39.17 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  36.92 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  36.57 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  36.84 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  32.32 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  37.31 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  26.02 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  40 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  28.4 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  36.92 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  36.92 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  32.2 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  38.66 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  36.17 
 
 		 260 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  35.48 
 
 		 267 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  31.14 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  38.89 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  30.8 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  34.38 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  36.97 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  39.45 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  37.27 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  35.46 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  36.21 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  34.73 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  38.81 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  36.42 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  34.92 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  36.42 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  36.42 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  34.75 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.21 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  35.34 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 		 258 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 		 258 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  34.68 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  35.59 
 
 		 258 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  38.1 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  38.1 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  35.29 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>