More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1598 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 351 aa  699    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 320 aa  391  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 298 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  27.08 
 
 		 291 aa  99.8  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  46.75 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 290 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  51.61 
 
 		 321 aa  89.4  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 287 aa  89.4  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 281 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  32.33 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  22.41 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  30.8 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.82 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  21.69 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  35.94 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  35.94 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  35.94 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  21.69 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  22.49 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  28.4 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  29.08 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 294 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 296 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  21.86 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  31.73 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  39.08 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  30.83 
 
 		 281 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  20.33 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.14 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  32.82 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  34.97 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 268 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 304 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  27.78 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  21.83 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 281 aa  67  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 320 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>