297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4787 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
336 aa  664    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.74 
 
 
335 aa  368  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.98 
 
 
325 aa  348  6e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.42 
 
 
320 aa  330  3e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  47.59 
 
 
317 aa  262  6.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.37 
 
 
318 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  47.34 
 
 
322 aa  251  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.11 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  47.93 
 
 
319 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.04 
 
 
322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.87 
 
 
327 aa  239  5e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  45.72 
 
 
318 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.51 
 
 
313 aa  236  3e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.95 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.59 
 
 
317 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.45 
 
 
317 aa  230  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.82 
 
 
317 aa  229  5e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.9 
 
 
324 aa  226  3e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
333 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  42.86 
 
 
317 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 
317 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.48 
 
 
320 aa  223  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.11 
 
 
320 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.05 
 
 
319 aa  216  4e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  43.03 
 
 
318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.11 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.84 
 
 
327 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  40.23 
 
 
332 aa  209  4e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.43 
 
 
317 aa  209  6e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.82 
 
 
318 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 
334 aa  202  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.38 
 
 
324 aa  202  8e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.45 
 
 
325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
360 aa  199  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.77 
 
 
316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.95 
 
 
335 aa  195  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42 
 
 
329 aa  194  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.45 
 
 
334 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.77 
 
 
327 aa  192  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.34 
 
 
314 aa  192  5e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
332 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  40.72 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.43 
 
 
313 aa  189  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.66 
 
 
337 aa  186  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.26 
 
 
334 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.43 
 
 
327 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.85 
 
 
326 aa  172  6.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.87 
 
 
322 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.58 
 
 
339 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  36.51 
 
 
327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.52 
 
 
322 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.66 
 
 
320 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.62 
 
 
317 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.67 
 
 
339 aa  135  9e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  33.63 
 
 
318 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.22 
 
 
332 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.01 
 
 
336 aa  122  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.81 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.63 
 
 
337 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.73 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.44 
 
 
316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  37.34 
 
 
238 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.81 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.94 
 
 
321 aa  109  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 
339 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.25 
 
 
321 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.12 
 
 
333 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.83 
 
 
324 aa  98.6  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.71 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  33.22 
 
 
322 aa  97.1  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.49 
 
 
317 aa  95.5  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.23 
 
 
333 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.99 
 
 
336 aa  89.7  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.96 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.61 
 
 
328 aa  81.6  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.54 
 
 
228 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.31 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.12 
 
 
229 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.04 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.04 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  29.18 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  36.67 
 
 
228 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.94 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.8 
 
 
313 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  23.95 
 
 
320 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.73 
 
 
232 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  25.52 
 
 
229 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.95 
 
 
235 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.5 
 
 
313 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.08 
 
 
313 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.78 
 
 
324 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.37 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.37 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.95 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.03 
 
 
265 aa  69.7  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.67 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  35.37 
 
 
230 aa  68.2  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  28.96 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.17 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>