More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4009 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4009  inner-membrane translocator  100 
 
 		 365 aa  707    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  40.18 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  42.81 
 
 		 387 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  41.49 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 364 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  39 
 
 		 344 aa  224  1e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 368 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  41.38 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  41.38 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 366 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  40 
 
 		 357 aa  218  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  38.27 
 
 		 366 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  40 
 
 		 361 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2499  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 369 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.958191  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 363 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 371 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1977  inner-membrane translocator  40 
 
 		 369 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  37.35 
 
 		 351 aa  207  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2377  inner-membrane translocator  39.21 
 
 		 369 aa  205  9e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2767  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1939  ABC transporter, inner membrane subunit  38.28 
 
 		 368 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2320  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 368 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.434306 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 		 360 aa  203  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  38.11 
 
 		 363 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 369 aa  202  6e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1290  inner-membrane translocator  38.37 
 
 		 350 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79178  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 		 358 aa  202  7e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 391 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  40.52 
 
 		 344 aa  200  3.9999999999999996e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3656  inner-membrane translocator  37.69 
 
 		 365 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.106074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  41.98 
 
 		 363 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  39.81 
 
 		 349 aa  199  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2174  transmembrane ABC transporter protein  39.08 
 
 		 369 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  40.45 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2602  inner-membrane translocator  43.01 
 
 		 350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.815607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 359 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 362 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 364 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  39.26 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 361 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 347 aa  193  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  40.77 
 
 		 349 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  37.96 
 
 		 383 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  39.81 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.17 
 
 		 349 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  38.34 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  40.96 
 
 		 471 aa  190  2.9999999999999997e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  38.04 
 
 		 367 aa  190  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1830  ABC transporter, permease protein  38.92 
 
 		 365 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.590478  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 361 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 364 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  37.31 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 362 aa  188  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1022  inner-membrane translocator  40 
 
 		 454 aa  187  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3560  inner-membrane translocator  38.53 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.317487  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 354 aa  187  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1178  inner-membrane translocator  39.34 
 
 		 356 aa  185  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0996  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 451 aa  186  8e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.68 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  36.83 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2446  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  40.36 
 
 		 364 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1484  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 370 aa  183  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0529848 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 360 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1356  inner-membrane translocator  41.27 
 
 		 354 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2070  inner-membrane translocator  38.55 
 
 		 348 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  40.36 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  40.36 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2934  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 442 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 		 360 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0214  ABC transporter permease  37.92 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160863  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 		 355 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3175  inner-membrane translocator  40.96 
 
 		 379 aa  179  5.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.390246  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3456  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0696875 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3888  sugar ABC transporter, permease protein  38.82 
 
 		 352 aa  179  9e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.253623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1411  sugar ABC transporter, permease protein  38.82 
 
 		 352 aa  179  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.222594  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  35.76 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 357 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6463  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.665184  normal  0.388851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2991  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.183315 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5004  inner-membrane translocator  38.65 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 347 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0933  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 361 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.681198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 360 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0637  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 377 aa  176  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 358 aa  176  8e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  34.69 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>