More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3471 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  60.33 
 
 		 189 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  60.33 
 
 		 188 aa  225  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  54.45 
 
 		 194 aa  205  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  48.91 
 
 		 209 aa  173  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 206 aa  168  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  45.21 
 
 		 195 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  160  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 		 193 aa  160  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 194 aa  154  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 199 aa  149  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  42.7 
 
 		 195 aa  148  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  42.7 
 
 		 195 aa  148  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  42.7 
 
 		 195 aa  148  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 192 aa  148  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  42.7 
 
 		 195 aa  148  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  42.46 
 
 		 195 aa  148  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  42.13 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  42.13 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  45.03 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 189 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.25 
 
 		 188 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  39.15 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 195 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  42.22 
 
 		 183 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 193 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 198 aa  125  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 195 aa  125  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  40.56 
 
 		 183 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 190 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 191 aa  116  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  39.2 
 
 		 194 aa  115  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 188 aa  114  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  35.88 
 
 		 194 aa  107  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 203 aa  98.2  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  30.68 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 183 aa  90.9  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.49 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  26.34 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4829  cupin 2 domain-containing protein  34.29 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0191257  normal  0.0141237 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  24.16 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  26.51 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  26.86 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  26.16 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.14 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 208 aa  72  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  23.6 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  26.6 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  27.32 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  24.12 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  23.03 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>