More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0281 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  96.83 
 
 		 252 aa  496  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  86.9 
 
 		 252 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  74.21 
 
 		 252 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  74.21 
 
 		 252 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  73.81 
 
 		 252 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  73.41 
 
 		 252 aa  358  4e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 257 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  34.16 
 
 		 260 aa  132  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.33 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  31.25 
 
 		 262 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  31.25 
 
 		 262 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  31.25 
 
 		 262 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 259 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.85 
 
 		 265 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  28.85 
 
 		 265 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 265 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 288 aa  101  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 259 aa  89  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 270 aa  78.6  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 268 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 222 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  35.05 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  35.05 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  35.05 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  35.05 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  35.05 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  37.89 
 
 		 309 aa  75.5  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  37.89 
 
 		 309 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  37.89 
 
 		 309 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  37.89 
 
 		 309 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  36.84 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 284 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  29.55 
 
 		 276 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  65.1  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  34.52 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  36.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  36.17 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  36.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  36.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  36.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  36.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  41.77 
 
 		 344 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  36.17 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  36.17 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  33.83 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 352 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 343 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 342 aa  62.4  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 346 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  33.81 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  38.27 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  33.81 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 364 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>