More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2789 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 293 aa  593  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  75.09 
 
 		 293 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  74.74 
 
 		 293 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  74.06 
 
 		 293 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  74.06 
 
 		 293 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  74.06 
 
 		 293 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  74.06 
 
 		 293 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  72.35 
 
 		 293 aa  425  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  74.74 
 
 		 293 aa  423  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  69.62 
 
 		 293 aa  417  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  74.4 
 
 		 293 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  74.4 
 
 		 293 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  71.33 
 
 		 293 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  70.95 
 
 		 293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2570  polyprenyl synthetase  70.31 
 
 		 293 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0334175  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  67.92 
 
 		 293 aa  384  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  57.34 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2239  geranyltranstransferase  57.39 
 
 		 296 aa  309  4e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.200846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1320  polyprenyl synthetase  56.9 
 
 		 296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  55.03 
 
 		 294 aa  299  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  53.58 
 
 		 298 aa  291  8e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  58.36 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  53.63 
 
 		 300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  56.49 
 
 		 299 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  51.86 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1079  geranyltranstransferase  58.36 
 
 		 306 aa  268  8e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  57.89 
 
 		 299 aa  266  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  50.35 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  50.34 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01426  geranyltranstransferase  54.35 
 
 		 296 aa  258  9e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.631666  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  57.41 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  57.41 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  57.41 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  57.41 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  52.9 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  57.41 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  52.9 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  52.9 
 
 		 306 aa  256  4e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  50.17 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  50.34 
 
 		 303 aa  251  7e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  48.81 
 
 		 292 aa  251  9.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  56.11 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0492  geranyltranstransferase  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  56.11 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  47.22 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  48.8 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  45.14 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  50.34 
 
 		 295 aa  246  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  49.66 
 
 		 303 aa  245  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  47.39 
 
 		 291 aa  244  9e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  47.39 
 
 		 291 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  47.12 
 
 		 300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  51.38 
 
 		 285 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  44.86 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  49.81 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  49.81 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  44.52 
 
 		 293 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  46.76 
 
 		 300 aa  232  6e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  44.75 
 
 		 297 aa  229  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  44.49 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  49.81 
 
 		 293 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  45.59 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2439  Polyprenyl synthetase  41 
 
 		 290 aa  225  6e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.097508  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  48.31 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  48.31 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  45.74 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  46.81 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.11 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  48.47 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  47.47 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1388  polyprenyl synthetase  46.83 
 
 		 291 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  45.26 
 
 		 304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  44.68 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  43.92 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  49.24 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  44.33 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  44.24 
 
 		 298 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  46.46 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  43.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  43.43 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  41.46 
 
 		 297 aa  214  9e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  46.77 
 
 		 306 aa  215  9e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  48.67 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  43.21 
 
 		 294 aa  215  9e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>