More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2973 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 383 aa  763    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  74.93 
 
 		 389 aa  547  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.5 
 
 		 391 aa  534  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.48 
 
 		 376 aa  518  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.79 
 
 		 384 aa  509  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  72.75 
 
 		 389 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  72.46 
 
 		 389 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.16 
 
 		 389 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  75.47 
 
 		 396 aa  495  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  68.45 
 
 		 411 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.99 
 
 		 404 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.29 
 
 		 383 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  72.75 
 
 		 387 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.96 
 
 		 401 aa  481  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3114  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.4 
 
 		 382 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3862  inner-membrane translocator  73.49 
 
 		 383 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.938574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1254  inner-membrane translocator  73.19 
 
 		 383 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  73.87 
 
 		 384 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3570  urea ABC transporter, permease protein UrtC  70.61 
 
 		 393 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.107827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3379  urea ABC transporter, permease protein UrtC  71.39 
 
 		 393 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3688  urea ABC transporter, permease protein UrtC  71.39 
 
 		 393 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.852512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0656  branched chain amino acid ABC transporter permease  69.1 
 
 		 379 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5510  urea ABC transporter, permease protein UrtC  70.61 
 
 		 390 aa  451  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.762054 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3865  inner-membrane translocator  69.11 
 
 		 399 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 351 aa  375  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2416  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.32 
 
 		 380 aa  346  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2203  inner-membrane translocator  54.29 
 
 		 380 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  45.48 
 
 		 382 aa  296  4e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.14 
 
 		 368 aa  290  3e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.13 
 
 		 392 aa  289  7e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  44.12 
 
 		 393 aa  287  2e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  42.15 
 
 		 372 aa  286  5e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.27 
 
 		 398 aa  278  9e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2005  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.44 
 
 		 361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2336  inner-membrane translocator  44.9 
 
 		 367 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112184  normal  0.257674 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2289  inner-membrane translocator  44.9 
 
 		 367 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.995784  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2328  inner-membrane translocator  44.9 
 
 		 367 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228021  normal  0.0755161 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.38 
 
 		 385 aa  261  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2776  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.82 
 
 		 352 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  42.06 
 
 		 376 aa  259  6e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.71 
 
 		 376 aa  258  9e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  42.06 
 
 		 376 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3800  inner-membrane translocator  44.31 
 
 		 370 aa  256  5e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.92 
 
 		 375 aa  254  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  44.01 
 
 		 386 aa  251  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  40.18 
 
 		 382 aa  249  6e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  42.04 
 
 		 371 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  40.55 
 
 		 367 aa  248  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 375 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2248  putative membrane protein of ABC transport system  42.12 
 
 		 375 aa  247  2e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  38.2 
 
 		 377 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.67 
 
 		 387 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0702  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.18 
 
 		 409 aa  246  4e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476428 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2594  inner-membrane translocator  44.9 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.89 
 
 		 414 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 377 aa  242  7e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  40.32 
 
 		 378 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.28 
 
 		 387 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  38.07 
 
 		 397 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 371 aa  239  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.38 
 
 		 381 aa  239  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.38 
 
 		 391 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  41.46 
 
 		 388 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29721  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.27 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  38.39 
 
 		 363 aa  237  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.69 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 389 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  40.85 
 
 		 432 aa  236  4e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.73 
 
 		 392 aa  236  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 401 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.93 
 
 		 383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  40.77 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.02 
 
 		 382 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 380 aa  233  5e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.47 
 
 		 418 aa  232  8.000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 367 aa  232  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 403 aa  231  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.36 
 
 		 384 aa  231  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  34.38 
 
 		 405 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.81 
 
 		 359 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 400 aa  229  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 377 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 364 aa  225  8e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 372 aa  225  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.94 
 
 		 359 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 404 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.87 
 
 		 358 aa  223  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 385 aa  222  8e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.96 
 
 		 358 aa  222  9e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.87 
 
 		 406 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  36.21 
 
 		 388 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.3 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1504  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.31 
 
 		 373 aa  220  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  38.41 
 
 		 359 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 359 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  37 
 
 		 400 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  37 
 
 		 400 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>