More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1154 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
353 aa  719    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.21 
 
 
341 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.3 
 
 
349 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  49.43 
 
 
357 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
362 aa  352  8e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  47.93 
 
 
363 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.71 
 
 
356 aa  350  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.71 
 
 
355 aa  348  6e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  48.51 
 
 
338 aa  348  7e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  47.66 
 
 
363 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  47.67 
 
 
363 aa  347  2e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  47.66 
 
 
363 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.42 
 
 
357 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  47.66 
 
 
363 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  47.24 
 
 
362 aa  345  5e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  47.24 
 
 
362 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  48.21 
 
 
373 aa  345  1e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
362 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
366 aa  342  4e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  46.13 
 
 
372 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
335 aa  339  5e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  50.46 
 
 
330 aa  338  7e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  50.45 
 
 
342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  50.45 
 
 
342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  50.45 
 
 
342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  49.55 
 
 
331 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  47.22 
 
 
359 aa  335  5e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  48.85 
 
 
331 aa  335  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  49.4 
 
 
328 aa  335  7e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  48.99 
 
 
331 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  49.4 
 
 
325 aa  334  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  49.4 
 
 
325 aa  334  2e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  49.4 
 
 
325 aa  334  2e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  47.92 
 
 
368 aa  333  2e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.48 
 
 
370 aa  334  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  48.69 
 
 
331 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  49.85 
 
 
326 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  332  8e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  49.1 
 
 
325 aa  332  9e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  49.1 
 
 
325 aa  332  9e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  49.1 
 
 
325 aa  332  9e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  49.1 
 
 
325 aa  332  9e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  49.1 
 
 
325 aa  332  9e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  49.4 
 
 
328 aa  330  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  48.1 
 
 
331 aa  329  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  48.8 
 
 
325 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  46.73 
 
 
340 aa  327  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  48.96 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  54.76 
 
 
342 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  48.8 
 
 
336 aa  325  7e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  51 
 
 
362 aa  320  3e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  50.74 
 
 
336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  48.35 
 
 
338 aa  318  6e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  44.44 
 
 
434 aa  292  6e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.37 
 
 
381 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.08 
 
 
484 aa  273  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
466 aa  241  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  40.47 
 
 
518 aa  238  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.77 
 
 
463 aa  236  4e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  40.47 
 
 
518 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  41.95 
 
 
472 aa  235  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000451  transcriptional regulator  39.1 
 
 
543 aa  235  9e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.219758  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  38.64 
 
 
542 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.46 
 
 
516 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.41 
 
 
516 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  41.14 
 
 
466 aa  233  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.14 
 
 
461 aa  231  1e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3833  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.79 
 
 
450 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.859471 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  53.48 
 
 
623 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  38.95 
 
 
517 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.19 
 
 
466 aa  229  5e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.03 
 
 
477 aa  229  6e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.14 
 
 
505 aa  229  7e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.36 
 
 
582 aa  229  7e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 
387 aa  229  7e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  43.48 
 
 
441 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0964  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  50 
 
 
478 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  53.04 
 
 
441 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  39.94 
 
 
510 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.59 
 
 
518 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.6 
 
 
542 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.82 
 
 
483 aa  228  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0199  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.05 
 
 
451 aa  228  2e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.940712  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
457 aa  227  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  53.04 
 
 
441 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.39 
 
 
555 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4696  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.79 
 
 
480 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.511164  decreased coverage  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  39.94 
 
 
614 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.8 
 
 
665 aa  227  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.273908  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  52.61 
 
 
441 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  50.21 
 
 
477 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  39.94 
 
 
549 aa  226  6e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.79 
 
 
480 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.601271  hitchhiker  0.000975449 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.35 
 
 
566 aa  226  7e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.05 
 
 
459 aa  225  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  41.23 
 
 
573 aa  225  9e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.61 
 
 
456 aa  225  9e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  41.06 
 
 
455 aa  224  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.94 
 
 
458 aa  225  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.59 
 
 
452 aa  224  1e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>