269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0733 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  100 
 
 		 203 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.78 
 
 		 203 aa  250  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  57.08 
 
 		 219 aa  244  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.6 
 
 		 217 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.08 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 		 185 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.71 
 
 		 192 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.43 
 
 		 204 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.22 
 
 		 205 aa  204  8e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.83 
 
 		 197 aa  201  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.12 
 
 		 188 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.44 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.28 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  43.88 
 
 		 239 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.82 
 
 		 195 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.9 
 
 		 193 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  37.11 
 
 		 168 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.83 
 
 		 201 aa  95.9  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  33.16 
 
 		 176 aa  93.6  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.52 
 
 		 177 aa  92.8  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 276 aa  87  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  37.4 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  46.88 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  62.22 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  41 
 
 		 104 aa  73.2  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  33.61 
 
 		 129 aa  70.9  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  57.78 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  50 
 
 		 231 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  40.62 
 
 		 97 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  62.79 
 
 		 102 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  66.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  43.28 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  33.01 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  26.44 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  47.17 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  38.37 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  36.23 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.73 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  56.76 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  43.86 
 
 		 204 aa  51.6  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.78 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.98 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  25.19 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  27.59 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  39.13 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  22.93 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  54.05 
 
 		 216 aa  48.5  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  45.76 
 
 		 68 aa  48.9  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 		 69 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  51.02 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  51.02 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  29.76 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  26.92 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 		 64 aa  47  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 		 63 aa  47  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  46 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  41.38 
 
 		 70 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  46 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  55.56 
 
 		 69 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  62.07 
 
 		 34 aa  46.6  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 		 69 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.24 
 
 		 68 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.67 
 
 		 267 aa  46.2  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 		 69 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.33 
 
 		 68 aa  46.2  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 63 aa  46.2  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 		 79 aa  45.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.801094 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.86 
 
 		 67 aa  46.2  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 		 69 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 		 68 aa  45.4  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  43.14 
 
 		 60 aa  45.4  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  51.35 
 
 		 70 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  43.14 
 
 		 60 aa  45.4  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.1 
 
 		 68 aa  45.4  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  51.35 
 
 		 70 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  46.94 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 69 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 		 69 aa  45.4  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3853  cold-shock DNA-binding domain protein  52.78 
 
 		 69 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  43.75 
 
 		 83 aa  45.4  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 204 aa  45.4  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  43.75 
 
 		 71 aa  45.1  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.82 
 
 		 68 aa  45.1  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  39.71 
 
 		 67 aa  45.1  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 68 aa  45.1  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  51.22 
 
 		 67 aa  45.1  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 68 aa  45.1  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 68 aa  45.1  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 		 69 aa  45.1  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 68 aa  45.1  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>