More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2129 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  100 
 
 		 200 aa  410  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  57.21 
 
 		 208 aa  232  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  56.25 
 
 		 206 aa  226  2e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 		 206 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  53.73 
 
 		 200 aa  210  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  208  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  206  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  55.02 
 
 		 209 aa  205  4e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  52.74 
 
 		 200 aa  204  5e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  54.46 
 
 		 202 aa  204  6e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  203  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  48.08 
 
 		 208 aa  203  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  53.85 
 
 		 208 aa  202  2e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  202  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 206 aa  202  3e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  201  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 206 aa  201  4e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 209 aa  201  7e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 209 aa  201  7e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 208 aa  201  8e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  51.92 
 
 		 208 aa  201  8e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  50.97 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  47.12 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  52.48 
 
 		 202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 206 aa  195  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 206 aa  195  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 209 aa  195  4.0000000000000005e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  51.98 
 
 		 201 aa  195  5.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  51.98 
 
 		 201 aa  194  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  195  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  51.98 
 
 		 201 aa  194  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  51.98 
 
 		 201 aa  194  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 203 aa  194  6e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  50.5 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  51.47 
 
 		 203 aa  193  1e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3403  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 204 aa  192  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.29529 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  51.23 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  51.23 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  45.81 
 
 		 203 aa  191  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  191  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  48.26 
 
 		 200 aa  191  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 207 aa  191  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  47.52 
 
 		 203 aa  191  7e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 203 aa  191  8e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 203 aa  190  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1013  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 203 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0175272  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 203 aa  188  5e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  50.96 
 
 		 208 aa  188  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 209 aa  187  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  48.31 
 
 		 207 aa  187  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  8e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  46.63 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  47.6 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  51.18 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  48.76 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  45.19 
 
 		 208 aa  186  1e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  46.86 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  48.51 
 
 		 202 aa  186  2e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.28 
 
 		 208 aa  185  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 203 aa  185  3e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  49.5 
 
 		 201 aa  185  3e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  51.44 
 
 		 208 aa  184  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>