210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2578 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  100 
 
 		 326 aa  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  85.71 
 
 		 331 aa  544  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  69.94 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  67.79 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  67.79 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  61.35 
 
 		 312 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  61.04 
 
 		 312 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 329 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  58.77 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 329 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  59.51 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  59.08 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  57.85 
 
 		 312 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  57.85 
 
 		 312 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  57.54 
 
 		 312 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  57.54 
 
 		 312 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  57.23 
 
 		 312 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  57.23 
 
 		 312 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  57.23 
 
 		 312 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.35 
 
 		 319 aa  271  8.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.44 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  43.24 
 
 		 328 aa  248  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  43.53 
 
 		 328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  41.03 
 
 		 333 aa  242  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  40.65 
 
 		 342 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  43.61 
 
 		 329 aa  240  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  42.6 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.41 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  41.67 
 
 		 334 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  45.57 
 
 		 329 aa  228  8e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  40.68 
 
 		 336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  38.7 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  40 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  39.88 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  35.78 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  38.91 
 
 		 307 aa  189  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.82 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  33.92 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  31.7 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.25 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  33.98 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  30.38 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  34.31 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  28.78 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  29.64 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  30.25 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  29.08 
 
 		 311 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.8 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  32.2 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  28.83 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  34.29 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  34.29 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  34.29 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  32.2 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  32.16 
 
 		 314 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  30.43 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  27.27 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 312 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  28.99 
 
 		 302 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  29.8 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  29.29 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.44 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 314 aa  90.5  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  32.31 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.62 
 
 		 330 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  28.81 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  33.51 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  31.2 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  28.03 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  31.87 
 
 		 326 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1823  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.77 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.8692500000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.03 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.7 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.65 
 
 		 351 aa  69.3  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.98 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.55 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  23.74 
 
 		 283 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.59 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.1 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  23.64 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  29.03 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  22.18 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.28 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  21.76 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  26.39 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>