More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1152 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  377  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  91.71 
 
 		 181 aa  350  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  76.24 
 
 		 181 aa  301  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  77.35 
 
 		 181 aa  300  8.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  76.24 
 
 		 181 aa  300  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  71.82 
 
 		 181 aa  280  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  70.72 
 
 		 181 aa  276  8e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  68.36 
 
 		 180 aa  267  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 		 181 aa  266  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  67.04 
 
 		 181 aa  266  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  67.04 
 
 		 181 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  68.51 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 228 aa  257  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 181 aa  256  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  67.04 
 
 		 184 aa  256  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  63.69 
 
 		 181 aa  256  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 181 aa  255  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 228 aa  254  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 		 228 aa  254  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  64.44 
 
 		 184 aa  252  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 206 aa  249  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  59.78 
 
 		 185 aa  229  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 197 aa  228  5e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  56.99 
 
 		 188 aa  225  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 423 aa  194  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  48.86 
 
 		 203 aa  184  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 185 aa  174  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 190 aa  164  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 201 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 182 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  39.18 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.43 
 
 		 192 aa  118  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 		 756 aa  79.3  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.87 
 
 		 740 aa  79.3  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 		 743 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.27 
 
 		 736 aa  72.4  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.77 
 
 		 1093 aa  71.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 		 803 aa  66.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.25 
 
 		 617 aa  64.7  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.52 
 
 		 696 aa  64.3  0.0000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.37 
 
 		 681 aa  63.2  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 437 aa  59.7  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 940 aa  59.3  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 310 aa  58.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 502 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 981 aa  58.2  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 211 aa  57  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4004  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 500 aa  56.6  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.57 
 
 		 742 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6248  two component LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 633 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.713882 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  31.68 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  43.43 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  52.73 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  50 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  38.27 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  54.55 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  35.53 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  35.53 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5156  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3745  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 203 aa  54.3  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 213 aa  54.3  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  37.04 
 
 		 210 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 		 508 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  31.68 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  50.94 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 643 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  50.91 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  48.15 
 
 		 643 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 229 aa  53.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  50 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>