167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4969 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 86 aa  169  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  67.06 
 
 		 88 aa  116  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  48.84 
 
 		 86 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 88 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  41.98 
 
 		 87 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 85 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  38.81 
 
 		 82 aa  54.7  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  40.98 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 199 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 75 aa  51.6  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 81 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45 
 
 		 80 aa  50.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  38.81 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  43.86 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  38.6 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  35.06 
 
 		 154 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  43.33 
 
 		 178 aa  47  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 80 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5594  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 92 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5414  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 92 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.207419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  41.07 
 
 		 188 aa  46.2  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 75 aa  46.2  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 90 aa  47  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 176 aa  46.6  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1121  helix-turn-helix domain protein  39.06 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000765113  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  37.5 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  38.96 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40.98 
 
 		 113 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  39.29 
 
 		 175 aa  45.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 201 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  40.91 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 68 aa  44.7  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 68 aa  44.7  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 207 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  37.14 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 333 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 333 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 432 aa  43.5  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5036  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 166 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  40.98 
 
 		 216 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  36.92 
 
 		 338 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  42.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.68 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  38.6 
 
 		 368 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 64 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  37.29 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>