More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1753 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  100 
 
 		 319 aa  654    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  91.22 
 
 		 319 aa  610  1e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  56.05 
 
 		 315 aa  362  5.0000000000000005e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  42.72 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 335 aa  228  8e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  34.9 
 
 		 293 aa  179  8e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  34.8 
 
 		 318 aa  175  9e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  30.77 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  31.17 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  28.15 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  27.43 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  28.87 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  29.92 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1614  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 169 aa  102  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000141352  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  31.51 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  29.45 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  29.06 
 
 		 322 aa  99  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  26.04 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  26.25 
 
 		 315 aa  95.9  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  24.67 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  27 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  28.68 
 
 		 320 aa  92.8  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 321 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  28.74 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  31.67 
 
 		 356 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  31.76 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  25 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.93 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  27.36 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  30.6 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  25.42 
 
 		 222 aa  82  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  27.97 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  21.92 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  26.55 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5849  transcriptional regulator, MerR family  28.27 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  34.59 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1373  transcriptional regulator, MerR family  34.56 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  27.46 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  33.59 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5847  transcriptional regulator, MerR family  28.08 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  35.38 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  25.87 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1817  transcriptional regulator, MerR family  30.23 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  25.26 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  31.79 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6541  transcriptional regulator, MerR family  26.51 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0915123  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 352 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  31.79 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  33.75 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  34.04 
 
 		 327 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  27.99 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 361 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  24.38 
 
 		 768 aa  68.9  0.00000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.56 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  29.34 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4437  regulatory protein, MerR  26.29 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  38.26 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.22 
 
 		 398 aa  67  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.26 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.26 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>