130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1692 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1692  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.705113  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1921  putative tail fiber-related protein  50 
 
 		 554 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3306  phage tail collar domain-containing protein  43.41 
 
 		 483 aa  122  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5071  putative tail fiber protein  42.78 
 
 		 654 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795659  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0685  putative tail fiber protein  42.78 
 
 		 654 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.906879  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4480  tail collar domain-containing protein  43.29 
 
 		 492 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.648631 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0745  hypothetical protein  35.94 
 
 		 387 aa  99  5e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.106262 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1143  Phage tail Collar  37.95 
 
 		 817 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0238  hypothetical protein  35.19 
 
 		 323 aa  92.4  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0701154  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00848  bacteriophage tail fiber protein  33.7 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00854  hypothetical protein  33.7 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4025  Tail Collar domain protein  31.68 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3032  tail Collar domain protein  32.53 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000835332 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0519  Tail Collar domain protein  47.13 
 
 		 443 aa  74.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2758  tail collar domain-containing protein  32.53 
 
 		 177 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2442  Tail Collar domain protein  45.92 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2573  Tail Collar domain protein  45.83 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.364818 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2492  Tail Collar domain protein  32.75 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136013  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1476  tail collar domain-containing protein  32.62 
 
 		 259 aa  71.6  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.736982 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3484  phage tail collar domain-containing protein  34.44 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2731  tail collar domain-containing protein  34.36 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.594625  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1062  Tail Collar domain protein  34.73 
 
 		 530 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4031  Tail Collar domain protein  33.11 
 
 		 485 aa  68.9  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1862  phage tail collar domain-containing protein  30.37 
 
 		 735 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1577  Tail Collar domain protein  27.94 
 
 		 682 aa  67.8  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1819  Tail Collar domain protein  30.11 
 
 		 166 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4853  hypothetical protein  39.25 
 
 		 536 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1537  Tail Collar domain protein  30.12 
 
 		 621 aa  65.1  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01348  hypothetical protein  39.22 
 
 		 501 aa  64.3  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106689  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3816  Tail Collar domain protein  37.04 
 
 		 498 aa  64.7  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3818  Tail Collar domain protein  32.9 
 
 		 557 aa  63.5  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4955  tail collar domain-containing protein  34.69 
 
 		 170 aa  60.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2736  Tail Collar domain protein  29.63 
 
 		 689 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2097  Tail Collar domain protein  39.53 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1823  Tail Collar domain protein  39.58 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112044  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1333  phage-related tail fiber protein  39.78 
 
 		 790 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1917  phage tail collar domain-containing protein  36.08 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319876  hitchhiker  0.0068131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1106  Tail Collar domain protein  48.21 
 
 		 368 aa  59.3  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1749  Tail Collar domain protein  46.75 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.45338  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0636  Tail Collar domain protein  30.63 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266713  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2198  tail collar domain-containing protein  28.57 
 
 		 402 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.23854  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5676  tail collar domain-containing protein  55.56 
 
 		 414 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.204656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1817  Tail Collar domain protein  29.71 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.386449  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4027  Tail Collar domain protein  39.39 
 
 		 646 aa  57.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0635  Tail Collar domain protein  26.28 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0451681  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1336  Tail Collar domain protein  35.05 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0703  Tail Collar domain protein  37.63 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0637  Tail Collar domain protein  26.28 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.436358  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3327  phenylacrylic acid decarboxylase  29.76 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449816 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2872  microcystin dependent  35.71 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000497886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4047  phage tail collar domain-containing protein  32.04 
 
 		 180 aa  55.1  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0117  hypothetical protein  35 
 
 		 177 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  0.412841 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0185  microcystin dependent protein  34.02 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0634  shufflon domain protein  27.12 
 
 		 532 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119731  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1013  phage tail Collar  36.26 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0295632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0638  Tail Collar domain protein  26.59 
 
 		 157 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.437833  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1337  Tail Collar domain protein  34.69 
 
 		 171 aa  54.7  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5767  putative phage tail Collar domain  49.06 
 
 		 300 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0186  microcystin dependent protein  34.17 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2344  Tail Collar domain protein  44.44 
 
 		 82 aa  53.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.61713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4880  Tail Collar domain protein  34 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382325  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0155  Phage tail Collar  31.63 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1166  hypothetical protein  30.95 
 
 		 364 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1350  phage tail collar domain-containing protein  43.48 
 
 		 177 aa  53.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2608  Tail Collar domain protein  33.68 
 
 		 170 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0674  tail collar domain-containing protein  41.67 
 
 		 195 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.855114  hitchhiker  0.003962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3488  tail collar domain-containing protein  34 
 
 		 182 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4424  hypothetical protein  35.06 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3551  phage tail collar domain-containing protein  33.04 
 
 		 199 aa  51.6  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4900  Tail Collar domain protein  42.86 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.129965  normal  0.134722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0169  tail collar domain-containing protein  29.55 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0939231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4987  tail collar domain-containing protein  46.3 
 
 		 157 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0486  Tail Collar domain protein  38.1 
 
 		 87 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4190  phage tail collar domain-containing protein  31.25 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6751  hypothetical protein  40 
 
 		 326 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0165  phage tail collar domain-containing protein  31.25 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5866  Tail Collar domain protein  32.67 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255471  normal  0.964644 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2684  phage tail collar domain-containing protein  32.65 
 
 		 171 aa  49.7  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0111921  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0167  phage tail collar domain-containing protein  43.1 
 
 		 211 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1283  phage-related tail fiber protein  45.61 
 
 		 414 aa  48.5  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1013  tail collar domain-containing protein  45.61 
 
 		 387 aa  48.5  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2453  phage tail Collar  34.78 
 
 		 166 aa  48.5  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.661314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2343  Tail Collar domain protein  42.37 
 
 		 80 aa  48.5  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.607801 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1250  tail collar domain-containing protein  45.61 
 
 		 414 aa  48.5  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2455  phage tail Collar  27.49 
 
 		 176 aa  48.5  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0471  Tail Collar domain protein  28.57 
 
 		 246 aa  48.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4898  Tail Collar domain protein  42.11 
 
 		 184 aa  48.5  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.705005  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1338  Tail Collar domain protein  35.53 
 
 		 173 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2493  Tail Collar domain protein  41.07 
 
 		 81 aa  47.8  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0184  microcystin dependent protein  38.1 
 
 		 183 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2683  phage tail collar domain-containing protein  46.3 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0312734  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2609  Tail Collar domain protein  28.05 
 
 		 170 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.247685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4988  tail collar domain-containing protein  32.97 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2491  Tail Collar domain protein  41.38 
 
 		 80 aa  47.4  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5865  Tail Collar domain protein  36.99 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0932535  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4953  tail collar domain-containing protein  32.58 
 
 		 165 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.294288  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1099  tail collar domain-containing protein  31.96 
 
 		 179 aa  47  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3173  tail collar domain-containing protein  27.72 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0996292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5802  tail collar domain-containing protein  39.68 
 
 		 166 aa  46.2  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435853 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3287  phage tail Collar  35.14 
 
 		 172 aa  45.8  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>